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作者:你是我的 发表于 2018-11-23 11:00:44
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gromacs跑MD,一开始设定跑10 ns,停下来之后如果想接着再跑10 ns,想保留10 ns处的速度信息,是不是只需把mdp文件里的gen_vel参数改为no就行了?
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发表于 2018-11-23 11:00:54 | 显示全部楼层
你可以把时间设为100ps,然后修改参数,看是否能得到你想要的结果
如果可行,再运用到10ns
祝顺利啊~
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发表于 2018-11-23 11:01:05 | 显示全部楼层
需要定义ref 就是用来续跑的前10ns的最后状态 读进来之后跑就行了 这个手册里应该有写的
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发表于 2018-11-23 11:01:10 | 显示全部楼层
http://blog.sciencenet.cn/blog-464042-698055.html
同时,如果模拟正常结束,而模拟时间让人觉得不够长时,可以使用tpbconv写一个延长模拟的tpr文件,一般格式如下:
tpbconv -s topol.tpr -f traj.trr -e ener.edr -extend 1000 -o newtopol.tpr
其中"-extend 1000"表示延长1000ps的模拟时间。呵呵,非常好用。
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 楼主| 发表于 2018-11-23 11:01:17 | 显示全部楼层
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