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作者:窨楽饷起 发表于 2018-11-23 17:49:53
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最近在仿照ter20前辈总结的例子运行有机分子dmso的gmx,在能量最小化后进行nvt平衡的出错: 错误提示为:"number of coordinates in coordinate file (afem.gro 7728) dose not match topology (dmso.top 0)" 在网上查了一写类似的问题,还是没有解决!希望大家能够帮帮我。非常感谢!最后我afem.gro和dmso.top文件贴出,麻烦大家了!
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 楼主| 发表于 2018-11-23 17:50:13 | 显示全部楼层
这个是gro文件,刚才有点问题,没有传上[local]1[/local]
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 楼主| 发表于 2018-11-23 17:50:34 | 显示全部楼层
top文件,一直上传不来,就贴在下面了
DRG
7728
  1DRG  CAB  1 2.031 2.073 2.256
  1DRG  SAA  2 2.065 2.250 2.183
  1DRG  OAD  3 2.219 2.264 2.185
  1DRG  CAC  4 2.012 2.192 2.004
  2DRG  CAB  5 1.751 4.097 1.543
  2DRG  SAA  6 1.683 4.279 1.562
  2DRG  OAD  7 1.596 4.306 1.436
  2DRG  CAC  8 1.556 4.236 1.704
  3DRG  CAB  9 1.479 0.485 1.320
  3DRG  SAA 10 1.344 0.526 1.185
  3DRG  OAD 11 1.410 0.626 1.087
  3DRG  CAC 12 1.346 0.352 1.09  
............................................................................................
  21DRG  SAA 82 0.537 3.146 3.729
21DRG  OAD 83 0.637 3.169 3.845
21DRG  CAC 84 0.638 3.196 3.570
22SOL OW 85 0.230 0.661 0.083
22SOL  HW1 86 0.144 0.675 0.135
22SOL  HW2 87 0.202 0.601 0.003
23SOL OW 88 0.252 0.297 0.985
23SOL  HW1 89 0.268 0.262 1.081
23SOL  HW2 90 0.154 0.281 0.961
24SOL OW 91 0.033 0.342 0.666
24SOL  HW1 92-0.012 0.425 0.626
24SOL  HW2 93 0.020 0.267 0.598
25SOL OW 94 0.572 1.298 1.187
25SOL  HW1 95 0.482 1.303 1.140
25SOL  HW2 96 0.588 1.393 1.221
26SOL OW 97 1.574 1.515 0.707
26SOL  HW1 98 1.528 1.487 0.794
26SOL  HW2 99 1.499 1.520 0.636
...............................................................................................  
2568SOL OW 7723 0.011 0.186 0.057
2568SOL  HW1 7724 0.061 0.264 0.016
2568SOL  HW2 7725-0.062 0.162-0.011
2569SOL OW 7726 4.143 4.133 4.249
2569SOL  HW1 7727 4.155 4.063 4.174
2569SOL  HW2 7728 4.071 4.101 4.313
4.29310 4.29310 4.29310
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