大家好：
我是gromacs新手. 在最近的学习过程中我遇到一个问题，想请教一下版上各位。
我正在学习使用gmx,然后抱着试试看的心态做了一个很简单的系统，就是一个水盒子然后里面加上一些离子。我使用了如下命令：
genbox -cs spc216.gro -p topol.top -o waterBox.gro -box 8 8 8
grompp -f minim1.mdp -c waterBox.gro -p topol.top -o Ions.tpr
genion -s Ions.tpr -p topol.top -o water-ions.gro -pname NA -nname CL -conc 1.0
到这里成功地得到了一个8*8*8的水盒子，并加入了1 mol/L浓度的NACL。接下来我试图做能量最小化的时候遇到了问题：
grompp -f minim1.mdp -c water-ions.gro -p topol.top -o EM.tpr
mdrun -v -deffnm EM
在能量最小化的过程中，mdrun报错：
step xx: Water molecule starting at atom xxxx can not be settled.>Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
……
Fatal error:>1 particles communicated to PME node 4 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension y.>This usually means that your system is not well equilibrated.
我使用的是gromacs 4.5.5, gmx.ff力场，spce water model。模型非常简单，请问大家有没有遇到过类似问题，应该怎么解决呢？多谢帮助！

初始构型不合理，如果不是力场有问题，那就试试更小的timestep

多谢你的帮助！
请问你的意思是把emstep调小吗一些？我遇到的问题是在energy minimization的时候遇到的。
我也搜索了一下，很多帖子都说是初始结构不合理。可是我这个算例仅仅是用genbox做了一个水盒子，初始结构是gromacs自己生成的gro文件，也会有不合理的问题吗？
再次感谢你的帮助！

EM都不行，说明结构很不合理。不加离子的话可以跑吗？用vmd看看到底是哪里出了问题

试试把pme order的值改成6（默认应该是4），或者cut-off的值改的大一些。