本人菜鸟，刚接触gromacs 2天。
我在做gromacs_tutorail中蜘蛛毒素肽的研究的例子，做到genion –s fws_em.tpr –o fws_ion.pdb –nname CL- –nn 2 –g fws_ion.log 这一步，望SOL溶剂中加2个cl离子时候，教程让我修改pr_md.mdp和md.mdp两个文件种的温度耦合参数，可是小弟我找了半天找不到这2个文件，请问各位怎么办呢？
另外运行grompp –f em.mdp –c fws_ion.pdb –p fws.top –o fws_em.tpr，计算机提示
Fatal error:
moleculetype CU1 is redefined
请问是哪里出错了？

这个例子已经有中文的教程，请参考http://www.mdbbs.org/thread-9516-1-1.html ，你应该是参考这个吧？
里面已经把pr_md.mdp和md.mdp这两个文件的内容贴出来了（在教程的后面一点），在你的工作目录下新建两个文件，将其命名分别为pr_md.mdp和md.mdp，并把相应的内容粘贴进去、保存就可以了。
至于moleculetype CU1 is redefined，CU1被重定义了？？我都没见过有这种分子类型，就不懂为什么了。如果还有问题的话，建议按步骤重新再做一遍，把原来的文件都删了。祝你好运！！

很谢谢你····这个地方弄懂啦。请问一下后面无束缚条件下的完全动力学模拟中，grompp -f md.mdp -c fws_b4md.gro -pfws.top -ofws_md.tpr 这个指令中的
fws_b4md.gro文件是没有的·这应该怎么办呢？

谢谢啦。。这个教程总算做下来了。。gromacs蛮有意思的··

你好，我也遇到了这个问题，你是怎么解决的啊？

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