想问问使用make_ndx命令分组的问题,我不需要定义哪些具体的原子为一个组,而是想把体系中距某个中心原子一定半径以内的所有原子定义成一个组,之外的定义成另一个组(随着系统的动力学演化,半径之内的原子可能跑到外面去,外面的也可能跑进来,所以无法按照具体的原子序号来定义组),请问各位这样定义组的方式在gromacs里面能实现吗?
另外本人想做qm/mm计算,目前已经成功地将mopac编译进gromacs中,但是我看手册上的说明,似乎基组只能用到6-311系列,那么其它的呢?比如说过渡金属常用的lanl2dz以及其赝势能否使用呢?
望各位不吝赐教,谢谢.

可以先分析一下原子间距离 把你要的原子找出来再分析否则一个组成员是动态变化的怎么研究？

谢谢,我就是需要定义一个成员不停变化的组,因为我需要进行qm/mm计算,其中qm区域使用一个组,mm区域使用另外一个组,不知道这个gromacs能否实现.