请教大家,最近用gromcs计算扩散系数,使用命令为g_msd -f md.trr s md.tpr -o msd.xvg,整个体系为一个纯体系,包括5000个原子,直接用上述命令求出来的扩散系数可信吗?看相关帖子说拟合的时候需要仔细选取拟合的起点和终点,那么整个起点和终点怎么确定?还有manual中提到-trestart ,The time between additional starting points for the MSD calculation is set with -trestart 意思是 -trestart 标定了起始点的时间间隔。 请问这里的起始点(starting points)什么意思?是不是计算msd的初始位置点? g_msd 是不是只计算两个起始点时间间隔内的msd,然后在绘制一条组合的msd曲线(上一间隔的终点为下一间隔的起点,问题较多,请各位帮忙解答!谢谢
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