g_covar里有个-fit和-ref，手册中说-fit：Fit to a reference structure；-ref：Use the deviation from the conformation in the structure file instead of from the average。这两个命令是什么意思啊？

我想应该是和实验数据比较做fit

后来又仔细看了下，觉得应该是这样的：-fit是fit到reference structure中（reference structure是自己提供的一个结构文件或者.tpr文件中的结构），fit后会自动计算出一个平均结构，然后默认根据这个平均结构计算根均方差，如果加了-ref就是用 the conformation in the structure file instead of from the average来计算根均方差了。
我的理解是这样的，不知道是否正确。