刚接触PMF计算，很多问题不明白，希望大家多多帮助！
1.我按照gromacs官网上的教程做，做到计算各构象A和B之间的距离的时候，下载的那个脚本运行完了没有结果，summary.dat文件里头只有0到500这么一列数，我用g_dist这个命令提取了一下，我觉得效果应该是一样的，但数据跟教程给出来的50对应0.600,100对应0.800不一样。
2.按教程上的做法，是把conf0.gro,conf50.gro,conf100.gro,……conf400.gro,conf450.gro一共23个作为初始构象，可我看的有一篇文献上是先跑了一个window，然后把最终构象作为下一个window的初始构象，改变距离再跑下一个window，不太明白这两种有什么区别。
3.还有最后数据分析的时候需要一个tpr-files.dat是一个包含所有构象tpr的文件，这个文件要怎么得到呢？
十分感谢！！

时间足够长，每个窗口各个点都sample的话结果是一样的。PMF的关键还是sampling是否足够。但是文章中那种方式会增加时间成本