这是一个两条链的蛋白质中其中一条的末端GLU残基。我用这个文件执行pdb2gmx时报错：Fatal error: Atom OXT in residue GLU215 was not found in rtp entry GLU with 10 atoms while sorting atoms.
我看了一下这个OXT其实就是
与阿尔法碳相连的羧基上的一个O，当GLU不在末端时这个O因羧基形成肽键是不存在的，而在末端时它就在了。
我用的gromos96 43a1力场，力场rtp文件中，没有这个OXT的参数。
我觉得这个OXT与跟它在同一个碳上的另外一个O应该是一样的，所以我把.gro文件中的OXT改为O了，这样的话pdb2gmx顺利进行。不知道我这样做对不对啊？

自己先顶，呼唤大牛出来指点迷津！

已解决！editconf命令转化成的.gro文件有问题，以后用这个命令得慎重了！

我想要DPPS做做看，怎么email你阿