我的模拟体系是中间有个膜(膜使用了position restraint),在Z方向上把溶液隔开,膜中间有空,可以使溶液通过孔来实现流动。现在要使用NPT系宗来调节密度,想要保持XY平面大小不变,通过调节z方向的长度来实现,设置如下:
; Pressure coupling =
Pcoupl = berendsen
Pcoupltype = semiisotropic
; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar) =
tau_p = 40 40
compressibility = 0 5e-5
ref_p = 0 10.0
refcoord_scaling = all
NPT系宗模拟的结果是Z方向上的长度不断增大,最后模拟的盒子里水中出现了真空。这很明显不对的按照我的理解,正确的结果应该是xy方向的盒子长度不变,而Z方向的盒子逐渐减小最后达到一个稳定的值。 请教各位,出现这样的错误,如何解决呢?非常感
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