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作者:沐栀凝 发表于 2018-11-26 17:34:55
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我是新手,现在想模拟一个双分子层膜,由DOPC构成,文献中提到的是修改的PDB文件,但我没有找到,只找到了DOPC的itp文件,该怎么办,还有文献中提到构建双分子层膜是先做一个单层的,然后翻转,请问在GROMACS如何实现,或其他方法也行
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发表于 2018-11-26 17:35:03 | 显示全部楼层
用itp文件第二部分的成键信息,拿chem3d之类的软件自己画分子,存成pdb
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发表于 2018-11-26 17:35:20 | 显示全部楼层
翻转的那个应该是editconf -rotate然后把上下两部分拼起来
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 楼主| 发表于 2018-11-26 17:35:21 | 显示全部楼层
好的,谢谢你,我回去试试
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发表于 2018-11-26 17:35:31 | 显示全部楼层
网站上有详细的例子
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 楼主| 发表于 2018-11-26 17:35:40 | 显示全部楼层
试了试还是不行,我还是先用现成的膜的PDB文件练手
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