在对接时得到的结果显示的氢键好像有的不合理，配体中的氮原子和蛋白质中的氧原子形成了氢键，这是因为什么？请大家帮帮忙？

配体中的氮原子不是会连接的有H么，当然会和蛋白质中的氧原子形成氢键。AUTODOCK要得到好的结果的话，受体（通常是蛋白质）的构象要合理，一般可以把那种含有抑制剂或中间体等的复合物结构作为初始结构（当然要删掉其中的抑制剂哈）来对接

你没有看到H而已（有时不显示H的），看看N的几何就知道了