不知道大家的crd文件都是怎么建立的。现在把我的方法分享给大家，同时也给自己留个备份。
比如，我要建立一个100个水分子的体系。
第一步：建立一个水分子的正确构型
我先画一个H2O的坐标。二维就可以了，也不必注意角度、键长的正确性。手画也行。
O 0.00 0.00 0.00
H -1.00 0.00 0.00
H 1.00 0.00 0.00
将这个坐标建立成单个分子的crd文件（不用box信息），配合一个水分子的力场文件，在in中设置ntb=0, ntp=0, temp0=0.298，然后运行1000 step后，水分子的正确构型就出现了。
第二步：复制100个水分子。
用第一步得到的坐标复制100个水分子（老板说可以重叠。我为了节省运行时间，分子不重叠）。建立100个水分子的crd文件，要包含box。配合100个水分子力场文件运行NVT。在in中设置ntb=1, ntp=0, vlimit=1.0, temp0=298.00（任意你想设定的温度），也可以加上iwrap=1。刚开始的时候会得到很大的vlimit和体系温度，不过没关系，慢慢地这100个水分子就会分开，体系温度就会回到你设定的原始温度周围（如300 K 左右，并不一定=298，因为这时候体系还没有到达平衡）。此后，改vlimit=10.0，运行NpT (ntb=2, ntp=1)，等系统的温度、密度都达到相应的设定值和理论值就可以了。
还可以在这个系统中用同样的方法加入其它分子，如NaCl等。

为什么不用LEaP自带的加水盒子的命令？LEaP自带的水盒子也是经过模拟得到的平衡构象（可能温度不同？）
如果你复制水分子的时候，两个原子的坐标在精度内重合，以至r ＝ 0.00000000000000E0，会不会由于作用力变成NaN而导致平衡失败？还是就算原子重叠，浮点数的截断误差也能保证两个原子的距离有个微小的差异？从而造成很大的相互作用力使两个原子分开？
BTW：楼主的方法提供了一个很好的搭建系统的思路，但是读完还是一头雾水，请问楼主能不能更详细的提供一些信息，比如建立水分子crd文件的格式，如何配合水分子力场文件进行平衡模拟，具体步骤（从建立top文件到开始md模拟寻找正确构型，）？以及如何从一个水分子复制100个水分子，该100个水分子坐标的格式如何处理，如何建立该100个水分子的top文件，如何确定水分子的密度，盒子的尺寸如何选取（不知道楼主对Amber的truncated octahydron盒子有没有了解），盒子尺寸的数据如何写入crd文件？

100个水分子只不过是举个例子，你可以模拟任何分子。
老板说他很懒，他就是让分子重叠的。可是我没这样做过。但是我相信他（我以前的体系坐标都是他平衡后给我的）。按照in文件的设定，这些分子最后是会分开的，只是运行时间上会长些。我为了节省运行时间，是把所有分子都分开的。
比如在40nm的盒子里面放入5*5*5个水分子，其中氧原子的坐标如下，氢原子坐标相应移动。
O 0.00 0.00 0.00
O 2.00 0.00 0.00
...
O 8.00 0.00 0.00
O 0.00 2.00 0.00
...
O 0.00 8.00 0.00
...
O 8.00 8.00 8.00
建立的crd文件格式就是按照amber读入的crd格式。你可以自己写个简单的程序，比如，你是按照xyz格式得到那些原子的坐标。那么就读入xyz并按照crd的格式输出坐标。crd的格式可以在amber的主页上查到。在输出crd的同时可以加入盒子尺寸以及角度。
盒子的尺寸就要靠你自己把握了。通常根据密度为 >1 g/cm3 或者文献值来设定盒子的初始尺寸。尺寸估计一下就可以了，略大些。经过NpT后，盒子的密度和尺寸就会回到正常值。我的盒子尺寸基本在40以上，然后根据密度，计算一下需要加入的分子个数。
top文件比较复杂，我用的是自己选择的力场数据，转换成amber格式。转换程序是老板给的，除非我直接给出样本和程序，否则无法说清其中原委。以后我再补充吧。

谢谢楼主的及时回复，又学了一招，呵呵。看来还是要发展自己的工具库的。

我之所以觉得这个方法有用，是因为可以不局限于amber软件包内所提供。你可以用这个方法建立自己想建立的任何体系，当然还需要配合top文件。这个我会继续补充。
我用amber是用来模拟液体、胶体体系。

是的，貌似这种方法可以产生任何你需要的solvent box，而不用只局限于amber所提供的，确实是一个很不错的方法。虽然目前只用到水盒子，但是学习了以备不时之需。

福音啊，我纠结在这已经有好多个月了，终于发现这个帖子了。谢谢楼主啊。

神了！你怎么知道的？