系统为CentOS 6.2 ,显卡Geforce GTX680，驱动为NVIDIA-Linux-x86_64-295.49.run
CUDA Toolkit 4.0Intel Compilers为 l_ccompxe_2011.9.293.tgz，l_fcompxe_2011.9.293.tgz 以上安装都没有错误，解压AMBER11与AmberTools 1.5，patch -p0 -N < bugfix.all打上补丁后，运用命令./apply_bugfix.x bugfix.all.tar.bz2时出错：You need AmberTools 1.5 in order to apply this patch! Please upgrade.
，帮忙看看是咋回事，谢谢大家了！
一个月前我在另外的机子上安装成功，现在用同样的方法一直就卡在这里了。

AT的补丁是最新的么？如果是的话应该没有问题的。
不行你就把原来的文件夹删掉，然后把这俩重新解压一下，默认是会解压到一个文件夹内的。
Amber的补丁用最新的，不要1to17

我没有用1to17,是用的最新的啊，而且我也解压很多遍了，也是如你所说解压到一个文件夹的

应该是相对路径的问题 还有是amber的环境变量要事先设置好