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【转贴】Amber12及AmberTools12发布Amber是一款分子动力学模拟软件（同时也是著名的力场=w=），今天该软件发布了最新版本Amber12。同时，AmberTools也发布了新版本AmberTools12，此前的版本号为1.5。
新版本的主要改进有：（渣翻译，请轻拍）
*新的蛋白质力场ff12SB，以及全新的模块化Lipid11力场（用Amber做膜蛋白模拟的可以省不少事了吧（时代的眼泪……
*增加PB溶剂化计算的扩展选项，包括膜系统和周期系统模型
*增强的3D-RISM积分方程模型
*改良的self-guided Langevin dynamics和accelerated molecular dynamics
*更加简单的安装，支持自动升级打补丁
*可以使用D轨道进行半经验量化计算，允许使用哈密顿量如AM1/d和PM6
*QM/MM计算可以与多种外部量化程序对接，扩展了量化模型的类型
*更多SANDER的功能被移植到了PMEMD（CPU和GPU版本），包括Temperature Replica Exchange， Isotropic Periodic Sum， Accelerated Molecular Dynamics等，支持基于NMRopt的各种谐波抑制
*扩展了自由能计算的方法
*允许使用电子密度图作为限制条件，在模拟中支持刚性（或部分柔性）Group
AmberTools12也可以配合Amber10或者Amber11使用。
安装时不要删除之前安装的Amber版本，将AmberTools12解压到amber12文件夹之后，设置$AMBERHOME环境变量为新的amber12文件夹，安装完成之后再把原来的Amber10或者Amber11的bin文件夹加到环境变量的$PATH即可

顶一下~~~

不知道上哪能获得amber12呀 呵呵