大家好，我是用AMBER软件QM/MM模拟酶催化反应中的过渡态，涉及键的打断和生成，因此在QM体系未用qmshake我先跑了传统的MM，拿得到的构象在跑QM/MM，逃过了能量最小化，直接加热了，
heating
&cntrl
imin=0,irest=0,ntx=1,
nstlim=15000,dt=0.002,
ntc=2,ntf=2,pencut=-0.001,
cut=10.0, ntb=1,
ntpr=500, ntwx=500,
ntt=3, gamma_ln=2.0,
tempi=0.0, temp0=300.0,
nmropt=1,
ifqnt=1
/
&qmmm
iqmatoms=2058,2059,2060,2061,2062,2471,2472,2473,2474,2475,2476,2477,2468,2469,2470,2907,2908,2909,2910,2911,2912,
3317,3318,3319,3320,3321,3322,2432,2433,2434,2435,2436,2437,2438,2439,2440,2441,4790,4791,4792,4793,
4794,4795,4796,5475,5476,5477,3730,3731,3732,3733,3734,3735,4474,4475,4476,4477,4478,4479,4480,4481,4482,
5452,5453,5454,5455,5456,5457,5458,5459,5460,5461,5462,5463,5464,5465,5466,5467,5468,5469,
qmcharge=0,
qmshake=0,
qm_ewald=1, qm_pme=1
/
&wt TYPE='TEMP0', istep1=0, istep2=25000,
value1=0.1, value2=300.0, /
&wt type='REST', istep1=0,istep2=5000,value1=0.1,         
    value2=1.0,/               
&wt type='REST', istep1=5001,istep2=25000,value1=1.0,         
    value2=1.0,/
&wt TYPE='END' /
LISTOUT=POUT                       
DISANG=RST.wc
一般QM/MM跑到1500步的时候报错：
vlimit exceeded for step 2097; vmax =  30.5631
vlimit exceeded for step 2109; vmax =  21.6750
vlimit exceeded for step 2128; vmax =  44.4280
vlimit exceeded for step 2158; vmax =  21.9989
vlimit exceeded for step 2161; vmax =  24.0374
vlimit exceeded for step 2162; vmax =  85.4714
Coordinate resetting (SHAKE) cannot be accomplished,
deviation is too large
NITER, NIT, LL, I and J are :  0  0 1481 2940 2942
Note: This is usually a symptom of some deeper
problem with the energetics of the system.
请高手赐教啊！

一般都是在MD的最后一步才启动QMMMMD，
前面所有步骤（EM1， 2； MD1）没有特别原因都一律体系整体MM，
虽然 Ross Walker 在tutorial里没写，我通过邮件问过他，
Duan Yong， DA Case也曾向我确认过。

还有一点忘了，DA Case 建议我 QMMMMD 时，步长 dt 最好为 0.001。

我是先跑了一般的MM，但是由于涉及过渡态有些键需要被打断，这是传统的MM不能实现的，所以就以MM得到的最终构想做QM/MM
你的意思是我拿到MM最后的构象之后可以直接进行最后一步 的production MD吗？

请问你的QM区是用的哪种方法？用的AMBER11的版本吗？

是的，就是直接用AMBER11的