以前amber的in文件都是采用ntb=1来执行周期性盒子,但是从来没有注意过它的具体尺寸,现在想将amber移植到namd中MD,在设参数时碰到问题,就是红色部分的数值从哪可以获知:
TITLE
&cntrl
ntc=2, ntf=2
tol=0.0005,
nstlim=500,
ntpr=50,
ntwr=100,
ntwx=100,
dt=0.001,
tempi=300.,
cut=9.,
&end
&ewald PME on # Use PME for electrostatic calculation
# Orthogonal periodic box size
a=
62.23
, cellBasisVector1 62.23 0 0
b=
62.23
, cellBasisVector2 0 62.23 0
c=
62.23
, cellBasisVector3 0 0 62.23
nfft1=
64
, PMEGridSizeX 64
nfft2=
64
, PMEGridSizeY 64
nfft3=
64
, PMEGridSizeZ 64
ischrgd=
1
, # NAMD doesn’t force neutralization of charge |
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