以前amber的in文件都是采用ntb=1来执行周期性盒子，但是从来没有注意过它的具体尺寸，现在想将amber移植到namd中MD，在设参数时碰到问题，就是红色部分的数值从哪可以获知：
TITLE
&cntrl
ntc=2, ntf=2
tol=0.0005,
nstlim=500,
ntpr=50,
ntwr=100,
ntwx=100,
dt=0.001,
tempi=300.,
cut=9.,
&end
&ewald        PME on # Use PME for electrostatic calculation
        # Orthogonal periodic box size
a=
62.23
,    cellBasisVector1 62.23 0 0
b=
62.23
,    cellBasisVector2 0 62.23 0
c=
62.23
,    cellBasisVector3 0 0 62.23
nfft1=
64
,      PMEGridSizeX 64
nfft2=
64
,      PMEGridSizeY 64
nfft3=
64
,     PMEGridSizeZ 64
ischrgd=
1
,     # NAMD doesn’t force neutralization of charge

我猜是在你的输入坐标文件里面， .rst或者.inpcrd的最后一行-0.4101452 0.2378568 0.2090200 1.0447223 0.8526692 1.8107323
-0.9186951 0.1406647 0.5963050 0.0000000 0.0000000 0.0000000
65.067600060.396600059.6056000
90.000000090.000000090.0000000
我猜是紫色的那三个，但没用namd跑过amber的不完全清楚