sander [-O] -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd -r restrt
[-ref refc] [-x mdcrd] [-v mdvel] [-e mden] [-inf mdinfo]
Arguments in []'s are optionalIf an argument is not specified, the default name will be used.-Ooverwrite all output files (the default behavior is to quit if any output files already exist)-ithe name of the input file (which describes the simulation options), mdin by default.-othe name of the output file, mdout by default.-pthe parameter/topology file, prmtop by default.-cthe set of initial coordinates for this run, inpcrd by default.-rthe final set of coordinates from this MD or minimization run, restrt by default.-refreference coordinates for positional restraints, if this option is specified in the input file, refc by default.-xthe molecular dynamics trajectory file (if running MD), mdcrd by default.-vthe molecular dynamics velocities file (if running MD), mdvel by default.-ea summary file of the energies (if running MD), mden by default.-infa summary file written every time energy information is printed in the output file for the current step of the minimization of MD, useful for checking on the progress of a simulation, mdinfo by default.上面主要是sander命令的基本形式，谁能帮助解释一下-r, -ref, -x , -v, -e, -inf是什么意思吗？什么时候该用，什么时候可以不用？我看了理解不了，谢谢各位达人了！！！

-r :后面是输出的系统最后坐标，可以用来做输入文件。比如你模拟1.0ns, 然后将-r后面的文件作为输入坐标，可以继续从1.0ns往后算。 输出文件。
-ref ： 如果系统有约束，里面给出约束原子的平衡位置（谐振子函数）。 输入文件
-x： 分子动力学轨迹文件，坐标信息。输出文件。
-v :分子动力学轨迹文件，速度信息。 输出文件。
-inf ：能量文件，输出文件
我也是看教程看的，还没有具体实践过，不知道说的是否正确。-e忘记了。

谢谢了！！
你amber熟吗？

不熟，呵呵。我就看了看manual, 实践就是老板把他的脚本给我，我提交到机器上跑起来，这是我目前用amber做的唯一事情。

请问sander命令的基本形式在哪里找？