我做得体系是蛋白质和配体，还含有一些结晶水，在进行mmpbsa 结合能计算时，结晶水参与计算吗，如果参与计算是和受体一起保存成.prmtop文件吗？计算熵时结晶水需要参与计算吗？谢谢！
PREFIXsnapshot
PATH./
#
COMPLEX1
RECEPTOR1
LIGAND1
#
COMPT./com.prmtop
RECPT./acp.prmtop
LIGPT./ lig.prmtop

我也想知道

通常情况下计算PBSA的时候是不能加水的，因为PBSA就是采用的隐式水模型，如果晶体结构中有结晶水的话，在跑MD的过程中不要把水删除，然后在分析MD过程中结晶水参与的作用，分析其动力学性质，个人见解

我想请教一下楼主，你在模拟过程中结晶水不跑吗？你是如何处理的呢？