先用sybyl做了同一个小分子对不同物种的同一蛋白质的对接（该类蛋白质含有一个zn离子），然后用amber跑了4ns，稳定后，算了结合能。可是算出的结合能趋势和实验值不符。想请教大家可能的原因有哪些？谢谢大家了！

其中还有一个体系的结合能算出来是正值（6.38 kcal/mol）。很疑惑，望大家帮忙给看看分析分析，谢谢了。

你算出了正的结合能，那肯定是你那里算错了，我猜你的分子不一定在蛋白口袋里面呢~你再查看下
另外，模拟是不可能完全和实验值一致的，不一致也正常，一致当然就好了

先检查一下初始结构以及最终结构是否合理，用amber算出的结合能偏差本来就不小，如果实验室只有几千卡的话就很难对上，但这并不影响不同对接结果的对比分析，但变化趋势还是要对的，建议再跑一段，等体系足够稳定后再算算试试

好的    谢谢