我做的体系有两个反应坐标，一个是蛋白构象的变化（RC1），一个是配体与蛋白的距离(RC2)。
之前做过相同体系一维的（反应坐标是RC1，蛋白构象的变化）PMF，得出在蛋白聚集的状态有自由能最小值，而随着蛋白伸展能量逐渐升高，该过程中配体一直存在，而且相对于结合位点的位置相对稳定。现在做二维的PMF，得出的结果却发现同样是配体结合在蛋白上，在蛋白伸展的时候出现了能量最小值，而蛋白聚集的时候自由能逐渐升高。很明显这样的结果是不合理，因为蛋白和配体的结合应该是稳定的。
而且更奇怪的是，如果从二维的数据中取出RC2固定的某一系列数据，单独做RC1的一维PMF（相当于是二维PMF中对应于某个RC2的截面），则可以得到和原来一维PMF一致的结果。
我是用amber做umbrella sampling，得到的坐标文件用wham处理。不知道什么地方出现了问题。如果哪位有类似的经验，请不吝赐教。多谢！

按照tutorial说的做啊

看看 谢谢