US for Proton Transfer

Amber 网上给了个用SMD做proton transfer的例子，请教大家用一般的umbrella sampling是怎么做的？Thanks!

显示全部楼层 · 发表于 2018-11-27 17:48:32

手册上还提到了EVB的方法，大家都没有用QMMM方法做过umbrella sampling吗？

显示全部楼层 · 发表于 2018-11-27 17:48:45

因为半经验方法对质子描述的都不是很好，所以我认为 Amber 中的 umbrella sampling 不适合模拟质子迁移。

显示全部楼层 · 发表于 2018-11-27 17:48:50

如果是QMMM结合umbrella sampling呢？

显示全部楼层 · 发表于 2018-11-27 17:49:09

我说的半经验方法指的就是QMMM中QM部分使用的方法，Amber 10中目前只能使用半经验的QM方法。

显示全部楼层 · 发表于 2018-11-27 17:49:12

也是刚刚学习想用umbrella sampling方法

显示全部楼层 · 发表于 2018-11-27 17:49:16