MMPBSA计算熵变时对原子的数目有没有限制

在计算MMPBSA时，我的计算体系比较大，一千个残基，15000多个原子，那么能否用nmode计算出熵变，多谢各位大虾了啊

显示全部楼层 · 发表于 2018-11-28 09:39:24

在计算MMPBSA时，我的计算体系比较大，一千个残基，15000多个原子，那么能否用nmode计算出熵变，多谢各位大虾了啊

显示全部楼层 · 发表于 2018-11-28 09:39:42

我看了看 MM-PBSA计算熵变大概只能算300个残基那么有没有别的什么方法计算熵变啊

显示全部楼层 · 发表于 2018-11-28 09:39:45

可以修改得到的轨迹文件去掉不为活性位点的subdomain后重新保存用于MMPBSA.py的计算

显示全部楼层 · 发表于 2018-11-28 09:40:00

就是说把受体和配体的数目减小但是这样可信度高不？我这样想过但是不敢做

显示全部楼层 · 发表于 2018-11-28 09:40:06

可以一般超过300以上氨基酸的蛋白都可以就是文章中要说明是因为计算花费高所以才这样简化体系的具体文献如果这末处理的都会提到

显示全部楼层 · 发表于 2018-11-28 09:40:16

只能是一个subdomain去掉吗？我看见有许多文献上是在配体周围8A当做受体，我就把轨迹只剩下了配体和配体周围8A当做配体，但是nmode计算时最小化那一步就出现了问题因为残基都是不连续的结构优化很不合理我本来就不做熵变了但是这两天还是觉得不踏实你能说说你的具体操作步骤吗