我现在做的是比较同种蛋白不同基因型（aa差别在20个氨基酸左右）跟同一种ligand 的结合力的差别，那么我在计算自由能的时候，是只用mmpbsa 呢？还是必须加上nmode算的构型熵？？？
ps: 差别的氨基酸只有1个在ligand 5A 范围内。 并且nmode主要是蛋白的贡献，理应算，但是该蛋白的loop很多（这也是至今没有晶体结构出来的原因），这样的话，nmode算出来的构型熵不是很不准啦？？那能否直接用mmpbsa 的来直接比较说明相互作用力的差别呢？？具有说服力吗？

我曾经算过9a范围内的熵（nmode），与不加限制的全蛋白的结果比较，基本没啥差别，以后碰见大的蛋白就直接算9a范围内的熵，文章方法部分说明一下就行（很多文献都这样写），你的问题可以参考一下。