>Check gal
checking 'gal'....
FATAL: Atom .R.Adoes not have a type
在检查时出现以上错误，请大侠们指教指教啊，

你的FAD是配体吧，通过gaff力场导入了吗？

小分子配体要有其对应的拓扑信息

不知道导入了没有啊，我现在在试将小分子另外建立他的拓扑信息，在预优化就卡住了，不收敛哦，还在改进命令

alice 发表于 2018-11-28 13:35
小分子配体要有其对应的拓扑信息

是啊，我在弄那个小分子的信息

PRICE 发表于 2018-11-28 13:35
你的FAD是配体吧，通过gaff力场导入了吗？

我加力场的方式：$AMBERHOME/exe/tleap -s -f $AMBERHOME/dat/leap/cmd/leaprc.ff94就这样

如果含小分子的话，需要使用gaff力场，就是补充小分子对应的信息，网上有个教程http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/，你看就明白了

Amber自带gaff模块可以补充小分子信息，不用另外再优化，除非特殊需要

好的，我先试一试