我的PDB文件中有受体和配体，用autodock做模拟结合时，配体是选这个PDB中的，还是从zinc数据库上下载？二者有什么差异吗？
另外，如果从PDB上取配体，用autodock给配体加氢时，会把一些N原子也加上氢，但这些N原子是不应该加氢的啊，用chimera加氢就不会出现这个问题，可以用chimera加完氢再到autodock上做模拟结合吗？

zinc数据库里的有些配体很难买到

嗯嗯~谢谢啦~