如题，同一台电脑，同一个配体和受体，同样的条件，也就是说重复实验，为什么两次得到的binding energy等结果不是一样的呢？

我也是一样。我的torsion不多的配体基本一样。torsion一多，结果乱七八糟。我觉得可能是可能性太多，autodock不一定搜到相同的样子。毕竟遗传算法也是随机的。