• 回答数

    4

  • 浏览数

    2102

  • 收藏数

    0

作者:问君何时娶 发表于 2018-12-5 10:03:08
跳转到指定楼层
1、Grid →Grid Box… 打开Grid Options对话框,将格子的大小设置为X, Y, Z: 40, 40, 40,我看了两个教程,这个格子大小的设置都不一样,也没说为什么设这么大,这是什么意思?
2、然后将格子中心设为-7.320, 22.766, 16.938( x, y, z)。 设置这个格子中心的参数的依据是什么?看了几个教程,这个参数是怎么的出来的?
分享:
回复

使用道具

该用户从未签到

新手上路

Rank: 1

积分
18
极客币
57
主题
11
帖子
26
注册时间
2018-11-5
在线时间
2 小时
性别
保密
发表于 2018-12-5 10:03:37 | 显示全部楼层
虽没用过这个软件,但是格子一般根据要涵盖你的活性口袋,会依据具体情况调整,或者搞个常用的大小确保涵盖整个活性口袋。至于位置,就是你的活性口袋的中心位置。如果晶体有内源性配体,可以以这个内源性配体为格子的空间中心。
回复

使用道具 举报

该用户从未签到

新手上路

Rank: 1

积分
14
极客币
44
主题
8
帖子
18
注册时间
2018-11-5
在线时间
2 小时
性别
保密
 楼主| 发表于 2018-12-5 10:03:45 | 显示全部楼层
那请问,如果没有内源性配体的话,这个活性中心的坐标要怎么找到?
回复

使用道具 举报

该用户从未签到

新手上路

Rank: 1

积分
18
极客币
57
主题
11
帖子
26
注册时间
2018-11-5
在线时间
2 小时
性别
保密
发表于 2018-12-5 10:04:08 | 显示全部楼层
比较难。对新手来说,看文献别人定的是哪,最简单。或者自己找下活性口袋的中心,比较近似即可,格子覆盖口袋就好
回复

使用道具 举报

该用户从未签到

新手上路

Rank: 1

积分
14
极客币
44
主题
8
帖子
18
注册时间
2018-11-5
在线时间
2 小时
性别
保密
 楼主| 发表于 2018-12-5 10:04:18 | 显示全部楼层
请问找活性口袋中心的方法,或者有推荐的帖子吗?非常感谢
回复

使用道具 举报

高级模式 评论
您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册 微信登录
关于作者
问君何时娶

用户组:新手上路

  • 主题

    8

  • 帖子

    18

  • 关注者

    1