文献报道受体蛋白有三个结合位点，而且不同结合位点的化合物类型均有报道。小白想用PyRx软件对这三个结合位点各自进行虚拟筛选，首先对软件的可靠性进行分析，就是把文献报道的所有晶体复合物中的配体构建一个小分子库，但结果都不是预期得到的，不晓得是不是软件使用方法不对，现将操作过程列出，请论坛大神赐教：
PyRx中用的是Vina Wizard模块，在windows操作环境下
1. strat
2. selectmolecules
Ligand有71个（pdbqt文件），Macromolecule是处理好的受体蛋白（pdbqt文件） 运行Forward
3. Run Vina
vina search space为默认参数（此处参数与在Autodock 中Grid操作不一致，包括center和盒子的大小，在PyRx中没法手动修改盒子的大小与Grid一致） 运行Run Vina
4. Analyze Result
结果分析中，不同位点得不到与晶体结构中相同配体所在的位置，且只筛选处理4个配体。
不知道我所列的过程是否为虚拟筛选的正常步骤，感觉没有用到分子对接方法呀。还请论坛的大神帮忙指导一下，谢谢！
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发表于 2018-12-5 15:49:48
楼主