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作者:芦苇薇薇 发表于 2018-12-6 15:26:15
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dump               3 hi-fixed custom 300 f.txt id x fx
上面是in文件里摩擦力输出命令, hi-fixed 是一个group,但是输出的是每个原子的位移和摩擦力,如何输出整个 hi-fixed 群组的位移和摩擦力,应该用什么命令呢?求各位大神指点。。


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发表于 2018-12-6 15:26:44 | 显示全部楼层
楼主,你可能需要明确自己需要的“位移”和“摩擦力”的定义。
整个群组的位移是什么?所有原子的质心位移吗?
整个摩擦力是什么?所有原子的x向受力之和吗?
MD计算过程就是针对每个原子的,根据你现在输出的量 ...
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 楼主| 发表于 2018-12-6 15:26:49 | 显示全部楼层
感谢您的解答,这个问题已经解决了,我用的是compute msd+compute reduce+fix ave/time命令,整个群组的位移取的是所有原子质心位移的平均值,摩擦力取的是所有原子x方向受力之和,不知道这样取对不对?
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