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作者:把梦留给夜 发表于 2018-12-12 11:37:33
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如题
本人基本无基础 希望大师们能给个比较详细的操作步骤
谢谢啦
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发表于 2018-12-12 11:37:44 | 显示全部楼层
先画好一个水分子,点sketch atom,下拉菜单中选择O原子,再点adjust hydrigen,再点clean,可用Forcite模块中的 geometry optimization优化。再在amorphous cell中construct中,先激活你所优化好的水分子图,点add加入64个水分子,再点construct就可以了。
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发表于 2018-12-12 11:37:59 | 显示全部楼层
我是用MS生成水分子构型,然后在LAMMPS里算的。两天之后,试用期一到,我就只有Visualizer了,到时候就没有Amorphous Cell这个模块。所以我用build crystal建了一个简单立方,然后在立方的顶点上放水分子,然后再用symmetry里面的supercell进行复制。这样完全是个固体的生成过程,而且还不是冰的正六边形。但是我想,虽然系统的初始状态很不合理,但是通过MD模拟中的平衡过程,让系统达到平衡态,也能得到水的构型吧。请问这样合理吗?
趁我现在还有这个模块,再请问一下用Amorphous Cell如何确定生成的水分子构型的范围呢?而且可以直接输入水分子数目吗?还是只能点add,一次加一个?我要建立一个1800个水分子的系统,如何做呢?
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发表于 2018-12-12 11:38:05 | 显示全部楼层
讲喊一个水分子的3d模型点开为active状态,然后直接点开AC中的计算或者建立,composition里面添加水分子,然后改水分子个数就是了,
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发表于 2018-12-12 11:38:16 | 显示全部楼层
建好了嘿嘿~谢谢哦~
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发表于 2018-12-12 11:39:09 | 显示全部楼层
你好我想问一下如何让盒子里面的东西不跑出来?
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 楼主| 发表于 2018-12-12 11:39:12 | 显示全部楼层
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