我将蛋白质结晶中的配体抠出来，加氢，构象经过处理后接回蛋白质中。用不同的蛋白-配体复合物共对接了两次，用pymol和Discovery studio观察最终生成的结果文件，均发现羰基和羧基等处氧原子处多了2个不明（Unknown）原子，且Discovery studio显示这些氧原子的杂化状态变为了sp3。


第一次对接：
配体是多肽衍生物。
配体中含有的官能团有：羧基（离子态），磷酸酯基团（单酯），胍基，酰胺键。
在对接过程中，配体的磷酸基团上非羟基氧都报错（Warning message:
check_atom_types: atom   XX in XXX.mol2 is type   O.2 but should be O.co2）；
所有部分双键均报错，链接胍基的碳都报错（Warning message:
check_bond_type:
bond   YY in XXX.mol2 is type  am but should be  ar）；
几个酰胺键都报错（Warning message:
check_bond_type:
bond  116 in C:/Users/zy/Desktop/ptp_dock/1g1h-gold/pdb1g1h-ori-lig-charged.mol2 is type   1 but should be  am）
结果发现羰基、羧基和磷酸根上的所有氧原子（包括成酯的那个）均多了两个不明原子


第二次对接：
配体也可以看做多肽衍生物，但是比第一次的分子小很多。
配体中含有的官能团有：羧基（离子态），磷酸基团（不是酯），酰胺键。
对接过程中仅有一个报错，报在羧基碳上（Warning message:
check_atom_types: atom    ZZ in ZZZ.mol2 is type  C.ar but should be   C.2）;
没想到所有酰胺的羰基上还是多了两个不明原子。。。


改进（并不。。。）：
改变对接参数：automatic atom typing中去掉ligand的对勾，未能成功杜绝任何不明原子；
考虑到配体上的有些原子的模式电荷带有分数，在上述基础上将其存为能够保留分数电荷的.mol2格式，也未能杜绝任意一个不明原子的出现。


感谢各位老师耐心看完这些情况。。。希望各位老师能够予以解答，告诉我问题出在哪里。。。本人将不胜感激

自己顶起来~每次都产生相似的结果。。。在chemdraw中绘制了配体也不行，老是出现unknown原子。。。。求帮助。。。

什么软件对接的？力场参数不匹配

自己顶一下。。。发现这些“原子”是孤对电子。。。