各位有没有知道怎么根据多肽的序列，用pymol软件构建出这个多肽的三维结构模型，（用pymol软件来构建模型的时候是不是都要首先找到其相应的PDB文件才可以？我手头的这个多肽只知道它的氨基酸序列，不知道名字，这种情况该怎么用pymol来构建出三维模型呢？）急用，多谢了！

非要用pymol么？我没用pymol弄过，不知道能不能画，但是我用Amber里面的xleap构建过小肽，这个可以实现！
http://pan.baidu.com/s/1dEdZp7b
你可以下载这个文件参看第一部分！

PyMOL着实不是一个好的分子模拟软件，它更适合用于分子图形显示。
多肽有多少个氨基酸？如果较少，用Amber的tleap或者其他软件构建好初步模型，然后进行分子动力学（MD）模拟即可；如果很多，采用Modeller等软件进行同源模建，再进行MD模拟。Amber和Modeller教程参见："http://www.yinfotech.cn/blog/tutorial/"

很遗憾并没有构建出来，我只知道如果这个氨基酸序列可以找到其PDB文件，就可以在pymol里构建出来