我用 vina 对接出结果之后，把受体文件和配体文件一同载入到 pymol 中，然后将二者保存为一个文件（即 file--save molecule...--选取配体和受体--勾选 one file--保存），接着讲保存的文件导入到 Ligplus 中查看，发现只有疏水性显示出来，氢键什么的都没有，设置那里我也有勾选了 hydrogen bones 那个选项，是因为这个配体与受体没产生氢键吗？我看直接从pdb网站下载下来的蛋白文件（包含配体的）都会有氢键连接的，会不会是我这样子保存的受体--配体复合物是不正确的？你们是怎么讲对接结果的受体和配体合并做图像的？
谢谢大家了

问题解决了么，可否分享？

没有