各位大神们，我手头有Pymol和DS，也有抗体的三维结构pdb，我需要把小分子药定点偶联在某个半胱氨酸上，怎么样才把这小分子药在pdb结构上画上去？

你可以手动把那个Cys与drug用共价键连起来，再Minimize能量优化一下。这样得到model再做图。当然这个model是不怎么准确的，只能用来大概看看。

试 将硫原子与抗体半胱氨酸的硫原子距离限制后 md平衡一段时间 取cluster中心构象