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作者:黑发尤物 发表于 2019-1-3 17:18:14
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小弟最近需要进行蛋白三级结构的模拟建模,使用的软件是pymol、rasmol,但是这两个软件都是识别.pdb格式的蛋白序列文档,有没有大神教教我如何将自己手头上的氨基酸序列(.fasta)转换成可以被建模软件识别的.pdb格式,谢谢
注:1.本人手头上的序列在PDB,ncbi等数据库比对后未找到已有的数据;
       2.尝试了使用OpenBABEL进行转换,不知道是哪里没有设置好转换出来的用pymol、rasmol读取后都是直线型,下了一个GFP的.fasta和.pdb作为对照,转换
          后也是直线型与直接下的.pdb不一致。
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发表于 2019-1-3 17:18:29 | 显示全部楼层

swiss model,同源建模,把你氨基酸序列输入,结果中可以现在pdb文件的蛋白结构文件
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 楼主| 发表于 2019-1-3 17:18:34 | 显示全部楼层
试过,但是建不出来,似乎找不到同源的
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发表于 2019-1-3 17:19:01 | 显示全部楼层
没有结构只能同源建模,swissmodel或者modeller
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发表于 2019-1-3 17:19:09 | 显示全部楼层
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 楼主| 发表于 2019-1-3 17:19:25 | 显示全部楼层
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