关于举办 “ 计算机辅助药物设计 及 分子动力学模拟 ” 系列专题培训的通知
各有关单位: :
计算机辅助药物设计可以提高药物研发的成功率，降低研发成本，缩短研发周期，是目前创
新药物研究的核心技术之一。在新型冠状病毒的治疗方案中，通过同源建模方法发布了新冠病毒
的三维结构，通过药物靶标预测、筛选出针对新型冠状病毒的药物，通过一系列计算机辅助药物
生物计算的方法发现一大类药物分子可以有效阻止新冠病毒的侵染，为治疗新冠提供了新机理和
新思路。应新老客户的培训需求，北京软研国际信息技术研究院特举办“计算机辅助药物设计及
分子动力学模拟”系列专题培训班，本次培训由互动派（北京）教育科技有限公司具体承办，具
体相关事宜通知如下：
、 一、  培训目录 ：
CADD 药物分子相互作用、分子对接、靶点预测专题 内容详情
2022 年 03 月 26 日-03 月 27 日 在线直播（授课 2 天）
2022 年 04 月 03 日-04 月 04 日 在线直播（授课 2 天）
薛定谔靶点抑制剂虚拟筛选、共价对接、分子活性预测 内容详情
2022 年 04 月 09 日-04 月 10 日 在线直播（授课 2 天）
AMBER 分子动力学能量优化、结合自由能计算专题 内容详情
2022 年 04 月 03 日-04 月 05 日 在线直播（授课 3 天）
GROMACS 分子动力学蛋白模拟、药物开发溶剂筛选专题 内容详情
2022 年 04 月 03 日-04 月 05 日 在线直播（授课 3 天）
二 、培训特色：
1、本次系列课程共四个专题，均采用在线直播的形式，提供无限次回放视频，建立永不解
散的课程群，长期互动答疑，学员学完后可以继续与专业老师同学交流问题，巩固学习内容。
2、每个专题单独小班授课，边讲边练，报错信息及时解答。结合每个软件的特点和优势配
合应用案例对药物设计所涉及的关键技术进行精讲，让学员掌握特定研究场景下的软件和技术方
法选择，从而更好地满足学员论文及实际科研工作需求；
3、掌握通过蛋白结构分析、同源建模、分子对接、虚拟筛选、构效关系分析、药效团靶点
抑制剂筛选预测、全新药物设计，先导化合物发现等方法对靶点药物进行全方位设计及分析。
4、通过整个课程体系帮助学员了解拿到一个课题后应该开展哪些工作及如何开展，包括：
如何获取靶点晶体结构信息、如何查看靶点药物相互作用、如何获取没有晶体结构的蛋白结构、
如何构建靶点已知的化合物结构、如何获取已有的虚拟化合物库、如何模拟靶点与分子相互作用、
如何进行化合物库虚拟筛选、如何预测靶点与分子相互作用、如何构建构效关系模型、如何进行
基于碎片的药物设计、深入研究蛋白与分子动态相互作用、分子动力学模拟与结合自由能计算等。
三、培训大纲：
系列课程： CADD 药物分子相互作用、分子对接、靶点预测 专题
课程名称 课程内容
生物分子互作基础
1.生物分子互作用研究方法
1.1 蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理
1.2 分子对接研究生物分子相互作用
1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用
蛋白数据库
1. PDB 数据库介绍
1.1 PDB 蛋白数据库功能
1.2 PDB 蛋白数据可获取资源
1.3 PDB 蛋白数据库对药物研发的重要性
2.PDB 数据库的使用
2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载
2.2 靶点蛋白结构序列下载
2.3 靶点蛋白背景分析
2.4 相关数据资源获取途径
2.4 批量下载蛋白晶体结构
蛋白结构分析
1. Pymol 软件介绍
1.1 软件安装及初始设置
1.2 基本知识介绍（如氢键等）
2.Pymol 软件使用
2.1 蛋白小分子相互作用图解
2.2 蛋白蛋白相互作用图解
2.3 蛋白及小分子表面图、静电势表示
2.4 蛋白及小分子结构叠加及比对
2.5 绘相互作用力
2.6 Pymol 动画制作
3.实例讲解与练习：
（1）尼洛替尼与靶点的相互作用，列出相互作用的氨基酸，并导出结合模式图
（2）制作结合口袋表面图
（3）Bcr/Abl 靶点的 PDB 结构叠合
（4）制作蛋白相互作用动画
（5）针对 ACE2 和新冠病毒 Spike 的蛋白晶体复合物，制作蛋白-蛋白相互作用
Cartoon Surface Surface of binding site
图一：Pymol 软件制作蛋白表面图
同源建模
1. 同源建模原理介绍
1.1 同源建模的功能及使用场景
1.2 同源建模的方法
2. Swiss-Model 同源建模；
2.1 同源蛋白的搜索（blast 等方法）
2.2 蛋白序列比对
2.3 蛋白模板选择
2.4 蛋白模型搭建
2.5 模型评价（蛋白拉曼图）
2.6 蛋白模型优化 图二：最佳模型结果 Spike: Model_03
3.实例讲解与练习：用 2019-nCoV spike 蛋白序列建模，根据相应参数和方法评价模型
小分子构建
1. ChemDraw 软件介绍
1.1 小分子结构构建
1.2 小分子理化性质（如分子量、clogP 等）计算
2.实例讲解与练习：分别构建大环、氨基酸、DNA、RNA 等分子
小分子化合物库
1. 小分子数据库
1.1 DrugBank、ZINC、ChEMBL 等数据库介绍及使用
1.2 天然产物、中药成分数据库介绍及使用
生物分子互作用Ⅰ
Autodock
1.分子对接基础
1.1 分子对接原理及对接软件介绍
2. 分子对接软件（Autodock) 使用
2.1 半柔性对接
2.1.1 小分子配体优化准备
2.1.2 蛋白受体优化及坐标文件准备
2.1.3 蛋白受体格点计算
2.1.4 半柔性对接计算
2.2 对接结果评价
2.2.1 晶体结构构象进行对比
2.2.2 能量角度评价对接结果
2.2.3 聚类分析评价对接结果
2.2.4 最优结合构象的选择
2.2.5 已知活性化合物对接结果比较 图三：PDB 1IEP
3.实例讲解与练习：针对 1IEP 完成半柔性对接、柔性对接
虚拟筛选
2.3 柔性对接
2.3.1 小分子配体优化准备
2.3.2 蛋白受体优化及坐标文件准备
2.3.3 蛋白受体格点计算
2.3.4 柔性对接计算
2.3.5 柔性对接结果评价
2.3.6 半柔性与柔性对接比较与选择
3. 分子对接用于虚拟筛选（Autodock）
3.1 虚拟筛选定义、流程构建及演示
3.2 靶点蛋白选择 图四： 对接结果能量分析
3.3 化合物库获取
3.4 虚拟筛选
3.5 结果分析（打分值、能量及相互作用分析）
3.实例讲解与练习：对 1IEP 晶体复合物完成虚拟筛选，并对结果进行分析
答疑 针对前两天学习问题的答疑
生物分子互作用 II
ZDOCK
1.预测蛋白-蛋白相互作用（ZDOCK）
1.1 受体和配体蛋白前期优化准备
1.2 载入受体和配体分子
1.3 蛋白蛋白相互作用对接位点设定
1.4 蛋白蛋白对接结果分析与解读
2. 实例讲解与练习：ZDOCK 模拟 2019-nCoV 的 spike 蛋白 6VXX和 ACE2 蛋白晶体结构的相
互作用
图五：Spike-ACE2 和 ZDOCK results 的比较
构效关系分析
1. 3D-QSAR 模型构建（Sybyl 软件）
1.1 小分子构建
1.2 创建小分子数据库
1.3 小分子加电荷及能量优化
1.4 分子活性构象确定及叠合
1.5 创建 3D-QSAR 模型
1.6 CoMFA 和 CoMSIA 模型构建
1.7 测试集验证模型
1.8 模型参数分析
1.9 模型等势图分析 图六： CoMFA 和 CoMSIA 模型图
1.10 3D-QSAR 模型指导药物设计
2. 实例讲解与练习：搜集 Imatinib 或 Bcr/Abl 同靶点抑制剂小分子的类似物结构及其活
性值，分别构建 COMFA 与 COMSIA 模型，并调整参数，获得最佳预测模型
基于碎片药物设计
1. 基于碎片药物设计
1.1 基于碎片的药物设计与发现
1.2 基于碎片化合物库构建
1.2.1 骨架替换
1.2.2 碎片连接
1.2.3 碎片生长
1.3 基于药效团的化合物库生成
1.4 基于蛋白结合口袋的化合物库生成
1.5 基于分子描述符的化合物库生成
1.6 基于 BREED 规则的化合物库构建
1.7 基于碎片的化合物库筛选 图七：生成小配体碎片库
2. 实例讲解与练习：利用碎片替换、碎片链接、碎片生长以及 BREED 对晶体复合物中的小
配体进行碎片化合物的生成，并对结果进行分析
分子动力学模拟
1. 分子动力学模拟简介
1.1 分子动力学基本原理
1.2 分子动力学模拟在药物设计中的作用
答疑 针对后两天学习问题的答疑
系列课程： 薛定谔靶点抑制剂虚拟筛选、共价对接、分子活性预测 专题
时间 课程内容 课程内容
第一天
上午
蛋白- - 配体相互作用
. 1.  分子对接基础、原理及对接软件介绍
. 2.  分子对接软件（薛定谔) )  使用
2.1 半柔性对接
2.1.1 小分子配体优化准备
2.1.2 蛋白受体优化及坐标文件准备
2.1.3 蛋白受体格点计算
2.1.4 半柔性对接计算
2.2 对接结果评价
2.2.1 晶体结构构象比较
2.2.2 打分角度评价对接结果
2.2.3 构象角度评价对接结果
2.2.4 最优结合构象选择
2.2.5 已知活性化合物对接结果比较
实例讲解与练习：Bcr/Abl 靶点抑制剂的分子对接
第一天
下午
柔性对接及基于结构
的虚拟筛选
2.3 诱导契合柔性对接
2.3.1 小分子配体优化准备
2.3.2 蛋白受体优化及坐标文件准备
2.3.3 蛋白受体格点计算
2.3.4 柔性对接计算
2.3.5 柔性对接结果评价
2.3.6 半柔性对接与柔性对接比较与选择
. 3.  基于结构的虚拟筛选（薛定谔）
3.1 虚拟筛选定义、流程构建及演示
3.2 靶点蛋白选择
3.3 化合物库获取
3.4 虚拟筛选
3.5 结果分析（打分值、能量项分解及相互作用）
. 4.  共价对接（薛定谔）
4.1 蛋白结构准备
4.2 小分子结构准备
4.3 共价对接
4.4 共价对接结果分析
实例讲解与练习：1）Bcr/Abl 靶点抑制剂的虚拟筛选
2）EGFR 靶点抑制剂共价对接
第二天
上午
基于药效团虚拟筛选
. 5.  药效团构建虚拟筛选（薛定谔）及结果分析
5.1 配体和受体结构准备及优化
5.2 基于多配体共同特征构建药效团
5.3 基于蛋白-配体复合物构建药效团
5.4 药效团的特征修饰
5.5 药效团的富集分析
5.6 基于药效团的虚拟筛选
5.7 基于药效团虚拟筛选结果分析
实例讲解与练习：
基于药效团的 Bcr/Abl 抑制剂虚拟筛选
第二天
下午
构效关系模型预测分
子活性
. 6.  构效关系模型（ 3D-QSAR ）构建及化合物活性分析
6.1 构效关系基本理论介绍
6.2 分子数据集准备
6.3 3D-QSAR 模型构建
6.4 3D-QSAR 模型结果分析
6.5 3D-QSAR 模型预测新化合物活性
实例讲解与练习：
Bcr/Abl 抑制剂 3D-QSAR 构建及分子活性预测
系列 课程： R AMBER  分子动力学 能量优化、结合自由能计算专题
第一天
时间 课时内容 主要知识点
AM
9:00~9:50
一. .  分子动力学入门理/ / 论
教学目标：了解本方向内容、
理论基础、研究意义。
1 1 分子力学简介
1.1 分子力学的基本假设
1.2 分子力学的主要形式
2 2 分子力场
2.1 分子力场的简介
2.2 分子力场的原理
2.3 分子力场的分类及应用
AM
10:00~10:50
二. .  LINUX 入门
教学目标：掌握数值计算平台，
熟悉计算机语言，能够使用vim
编辑器简单编辑文件。
3 3 X LINUX  简介
3.1 用户属组及权限
3.2 目录文件属性
3.3 LINUX基础命令
3.4 LINUX环境变量
3.5 Shell常用命令练习
AM
11:00~12:00
PM
14:00~14:50
三. .  AMBER 简介及安装
教学目标：了解Amber软件历史
发展，熟悉安装环境，支撑环
境编译。
4 4 AMBER 简介和安装
4.1 GCC简介及安装
4.2 Open MPI简介及安装
4.3 AMBER安装运行
PM
15:00~15:50
PM
16:00~17:00
四. .  研究对象模型获取
教学目标：如何确立研究对象，
熟悉蛋白数据库的使用，如何
对研究对象建模。
5 5 模型文件的预处理
5.1 模型来源简介
5.2 蛋白文件简介
第二天
时间 课时内容 主要知识点
AM
9:00~9:50
五. .  研究对象模型构建
教学目标：熟悉模型预处理流
程,掌握输入文件的编写，能够
6 6 模型文件的预处理
6.1 蛋白预处理
6.2 小分子预处理
独立完成体系动力学之前的准
备工作。
AM
10:00~10:50
6.3 AMBER力场简介
6.4 拓扑文件、坐标文件简介
6.5 top、crd文件的生成
6.6 tleap模块的使用
案例实践：
HIV-1复合物的预处理
AM
11:00~12:00
六. .  分子动力学模拟
教学目标：分子动力学流程，
AMBER软件动力学原则。
7 7 能量优化、分子动力学模拟
7.1 能量优化意义以及方法
7.2 模拟温度调节意义及方法
7.3 溶剂模型分类及选择
7.4 动力学模拟输入文件的编写
7.5 运行分子动力学模拟
7.6 输出内容解读
案例实践：
HIV-1复合体系能量优化、分子动力学模拟
PM
14:00~14:50
七. .  结合自由能计算
教学目标：熟悉结合自由能计
算的意义、MMPBSA方法以及流
程。
8 8 焓变计算
8.1 实验数据分析及检索
8.2 MM/PBSA结合自由能计算原理
8.3 GB模型讲解及分类
8.4 焓变输入文件的编写
8.5 焓变结果解读
PM
15:00~15:50
9 9 熵变计算
9.1 Nmode计算熵变原理
9.2 熵变输入文件的编写
9.3 焓变结果解读
9.4 实验值与理论值对照分析
PM
16:00~17:00
案例实践：
HIV-1与抑制剂之间结合自由能计算
第三天
时间 课时内容 主要知识点
AM
9:00~9:50
八. .  可视化软件
教学目标：熟悉可视化软件获
取渠道、软件安装以及基本使
用，采用可视化软件辅助科研
工作。
10 3D 可视化分析
10.1 VMD安装和使用
10.2 Discovery Studio 安装和使用
10.3 Pymol 安装和使用
AM
10:00~10:50
九. .  基于分子动力学的轨迹特征
获取
教学目标：从动力学模拟出的
构象出发，洞悉构象转变，解
释实验想象，预测实验结果
11 构象分析
11.1 RMSD分析
11.2 B-Factory 分析
11.3 RMSF分析
AM
11:00~12:00
11.4 RG分析
11.5 二级结构分析
11.6 VMD动画展示
11.7 距离角度测量
PM
14:00~14:50
十. .  基于能量的相互作用机理分
析
教学目标：从能量角度出发，
分析分子间、残基间、重要基
团间相互作用机理，对实验提
供理论指导
12 能量分析
12.1 残基分解（相互作用分析）
12.2 丙氨酸扫描（寻找热点残基）
12.3 氢键网络（其它相互作用）
PM
15:00~15:50
十一. . 经典工作复现
教学目标：引导初学者了解本
方向中经典工作，复现工作中
重要分析手段，加深同学对本
方向的理解。
13 经典文献工作复现( ( 请同学在课前自行下载仔细阅
读) )
13.1 Jianzhong Chen, Xingyu Wang, Laixue Pang,
John Z H Zhang, Tong Zhu. Nucleic Acids Res.,
47(13): 26 Pages 6618–6631.
DOI: 10.1093/nar/gkz499
) (1)  MM/GBSA 结合自由能计算
) (2)  相关性分析
) (3)  相互作用能的提取与讨论
) (4)  氢键网络分析
) (5)  RMSF 分析热点残基和活跃结构区域
(6)  DCCP 解析体系内部动力学特征
PM
16:00~17:00
13.2 Fu, Tt., Tu, G., Ping, M. et al.
Subtype-selective mechanisms of negative
allosteric modulators binding to group I
metabotropic glutamate receptors. Acta
Pharmacol Sin (2020).
DOI: 10.1038/s41401-020-00541-z
) (1)  分子对接技术
) (2)  MD 模拟运动学
) (3)  NAMs 与 mGlu1 和 mGlu5 结合的初始结合构象
) (4)  mGlu1-NAM 配合物的相互作用及结合自由能分析
) (5)  NAM 绑定 mGlu1 中的 “ 热点 ” 和 “ 热点 ” 残基分析
) (6)  mGlu5-NAM 配合物的相互作用及结合自由能分析
) (7)  NAM – mGlu5 共同识别机制分析
) (8)  分子动力学模拟真实性检测
) (9)  mGlu1 和 mGlu5 对 NAMs 的选择机制
(10) mGlu1 和 mGlu5 中非保守残基的不同性质决定了
NAMs 的结合模式
(11) mGlu1 和 mGlu5 中保守残基稳定 NAMs 结合模式的
不同作用
(12) 双靶标抑制剂的结合机制
系列课程： S GROMACS  分子动力学 蛋白模拟、药物开发溶剂筛选 专题
课程名称 内 容
基础理论
1 1  分子模拟基础理论
1.1 统计力学理论概述
1.2 主要算法介绍：最速下降法、共轭梯度法、有限差分法
1.3 力场、力场类型、参数和分类：AMBER、CHARMM、MMX、CVFF、OPLS
1.4 基础知识：积分迭代器、积分步长选取、温度控制、压力控制、周期性边界条件
1.5 模拟基本流程：能量最小化、NVE弛豫、NVT控温、NPT控压、MD平衡模拟
1.6 计算化学基本概念：范德华表面、分子表面、接触表面、溶剂可及表面、势能面
程序入门
2 2  GROMACS 程序 入门 —— 学会编译方法，安装自己的 GROMACS 可执行程序，并运行一个例子。
2.1 版本/安装/运行
•Linux入门操作及方法
•并行介绍和环境搭建
•win版、linux版编译安装及运行
•win版下使用linux系统编译安装及运行GROMACS程序
2.2 各种文件介绍：PDB、GRO、TOP/ITP、XVG、MDP
2.3 力场概念、分类及力场参数修改：——探究力场具体形式，为以后创建自己体系做准
备，以OPLS为例，力场的各种参数说明及修改
生物体系建模
与TOP文件构
建
3 3  生物体系 建模 —— 掌握 不同体系快速搭建方法 ，使学员具有扎实的 建模 基础
3.1 辅助工具软件ackmol、GaussView、vmd、Grace等
3.2 模型建模/TOP文件的生成
生物小分子PDB构建、生物小分子模型及原子类型定义、结构调整（键长、键角、二
面角）、生物小分子top结构构建、itp文件建立、拓扑文件生成工具
3.3 不同简单生物体系的建模
3.4 蛋白质、核酸、多肽、溶剂等复杂体系构建
3.5 构建一个简单的生物分子体系模型并运行
建模结果分析
4 4  模拟结果分析 —— 掌握不同生物体系所需分析方法，生成拓扑结构和坐标文件
4.1 模拟轨迹分析：trajectory，sasa，rdf，freevolume等
4.2 生成拓扑结构和坐标文件：editconf，genconf，pdb2gmx等
4.3 模拟能量分析：energy，enemat等
4.4 系统动态结构分析：cluster，confrms，midist等
4.5 空间分布性质：gyrate，msd，rdf，traj等
4.6 分子结构分析：hbond，order，principal，spol等
4.7 静电作用分析：dielectric，dipoles，potential等
生物体系建模
实践
5 5  水溶性蛋白质和配体作用分子动力学模拟
5.1 配体分子的处理
5.2 蛋白结构的处理
5.3 修改蛋白坐标文件
5.4 修改拓扑文件
5.5 构建盒子并放入溶剂
5.6 平衡系统电荷
5.7 能量最小化
5.8 NVT平衡 图1 1 ：水溶性蛋白模拟
5.9 NPT平衡
5.10 模拟结果取样
6 6  分子动力学结果分析
6.1 轨迹文件观察
6.2 能量数据作图
6.3 计算斜方差
6.4 测量回旋半径
6.5 计算结构的RMSD值
6.6 计算原子位置的根均方波动 图2 2 ：计算结构的D RMSD  值
6.7 计算模拟过程中分子间的氢键的数目、距离或角度
7 7  生物膜磷脂双分子层生物膜、膜蛋白等建模
7.1 磷脂分子结构、双分子层建模
7.2 模拟水通道（蛋白、多肽等）
7.3 插入溶剂分子
7.4 模拟系统达平衡
7.5 分析溶剂分子扩散速率
7.6 分子间的氢键的数目、距离或角度 图3 3 ： 生物膜蛋白水通道模拟
高级进阶模拟
分子自由能计
算实践
8 8  蛋白质结合自由能计算（伞形采样法为例）
8.1 创建一系列反应路径分子构型
8.2 提取模拟间隔质心轨迹
8.3 模拟每个构型的伞形采样
8.4 柱状图分析计算结合自由能
8.5 模拟结果讨论
图4 4： ： 自由能伞形采样计算结合能
9 9  药物分子开发溶剂筛选
9.1 介绍热力学积分方法
9.2 构建药物分子模型
9.3 建模药物分子溶解在水相，油相和醇相
9.4 计算不同相态下的分配系数
9.5 快速预测药物分配系数方法
图5 5 ： 药物分子自由能计算
SCI论文复献
根据学员需求，回答相关SCI文献中模拟的问题
四、 培训讲师：
CADD、薛定谔专题讲师：由全国重点大学、国家“双一流”、“211 工程”重点建设医药类高
校，药学博士，副教授，硕士生导师。发表 SCI 研究论文 20 余篇，主持和参与国家级、省级自然
科学基金多项。拥有多年新药分子设计开发经验，主要擅长CADD、AIDD药物设计方法等。
AMBER 专题讲师：山东省重点高校特聘教授、省优青团队人员，研究团队在《J. Am. Chem.
Soc.》、《Phys. Chem. Chem. Phys.》、《Nanoscale》、《J. Chem. Phys.》等国际知名期
刊发表 SCI 论文 50 余篇。其中以第一作者发表的两篇 JACS 属于本领域顶级 TOP 期刊(一区论
文，IF: 14.612)h-index 为 15。主持国家自然科学基金及省部级课题多项。主要从事生物分
子量化计算和分子动力学模拟研究，在动力学模拟、量化计算、结合自由能计算等积累了丰富
的经验。
GROMACS 专题讲师：由湖北省重点建设高校、国内一流学科建设高校特聘教授、国立台湾
大学博士后毕业、美国研究型大学和世界名校留学生讲授。在国内外学术期刊发表研究论文二
十余篇，曾先后主持和参与国家自然科学基金和省自然科学基金数十项。拥有十余年的分子模
拟、化学反应动力学、量子化学研究经验，主要擅长计算分子模拟、分子动力学、热力学、化
学反应动力学等研究，其中溶剂化自由能计算方法研究被评为“TopTier”的研究贡献。
五、 报名费用： （ 含 报名费、培训费、资料费 ）
课程名称 原价 （ 元） ）  早鸟价（元 ）
D CADD  专题 39 00 3700
薛定谔专题 26 00 2400
r Amber  专题 2900 2700
s Gromacs  专题 2900 2700
费用提供用于报销的正规机打发票及盖有公章的纸质通知文件；
如需开具会议费的单位请联系招生老师索取会议邀请函；
价格优惠：
优惠一：本次系列所有专题课程 2022 年 3 月 11 日前缴费均可享受 200元早鸟价优惠；
优惠二：报名两个及以上专题课程可享受额外优惠（具体请咨询招生联系人）
优惠三：老客户推荐学员可享受额外优惠（具体请咨询招生联系人）
六 、增值服务 ：
1、课前预习：提供培训书本教材或课件电子资料
2、课后复习：提供随堂电子资料、培训视频回放（回放视频仅供个人学习使用）
3、学员提出的各自遇到的问题在课程结束后可以长期得到老师的 1V1 解答与指导；
4、参加培训并通过考试的学员，可以获得：北京软研国际信息技术研究院培训中心颁发的
《计算机辅助药物设计应用工程师》或《分子动力学应用工程师》专业技能结业证书；
七 、 联系方式：
官方联系人:郝老师
电话：13263150968
报名 VX: haobaixue001 报名 QQ：2679039843
【注】1、开课前一周会务组统一通知；开课前一天会将直播链接及上机账号发至您邮箱或微信。
2、其它相关课程：《AIDD 分子表征、类药性评价、抑制剂筛选专题》 、《新药先导化合物虚拟
筛选专题培训》 《代谢组学网络药理学结合聚焦关键蛋白专题》具体安排介绍请咨询联系人！
八 、课程问答：
问题 1：课程是否适合小白/零基础的学员？
对于初学者，因缺乏对药物设计专业软件计算技巧的掌握与深入理解，导致无从下手。本
次计算机辅助药物设计及分子动力学系列专题课程从初学者角度出发，贴合实际项目需求。多
个专题分别使用不同的专业软件工具讲授多项专业技术知识，为满足学生不同的学习需求，配
置各个实用热门案例实操，让你从计算小白到跟紧时代热点能够上场做计算的学术弄潮儿。
问题 2：通过计算机辅助药物设计系列培训班我能学到什么？
CADD 课程共计 4 天，采用“理论+实操”模式，详细讲授 PDB 数据库使用、蛋白结构分析、
同源建模、Autodock 分子对接、虚拟筛选、蛋白-蛋白相互作用预测、构效关系分析、基于碎
片药物设计等专业技术，另有专业实践案例一步步操作。
薛定谔课程共计 2 天，采用“理论+实操”模式，详细讲授使用薛定谔软件进行分子对接、
虚拟筛选、药效团虚拟筛选、构效关系预测分子活性等专业技术，另有专业案例一步步实操。
AMBER 分子动力学课程共计 3天，采用“理论+实操”模式，详细讲授 AMBER 软件安装运
行、模型构建及力场文件生成、能量优化、溶剂模型、MM/PBSA 结合自由能计算、3D 可视化、
构象分析、能量及相互作用分析等专业技术，另配合专业案例及经典文章案例复现。
GROMACS分子动力学课程共计 3 天，采用“理论+实操”模式，详细讲授 GROMACS 软件编
译安装运行、生物分子体系模型的构建、系统性的结果分析方法，并对水溶性蛋白质、结合自
由能、生物膜蛋白、药物分子开发溶剂筛选等大家感兴趣的内容进行深入的建模计算和分析，
最后配合相关 SCI 文献中模拟的问题进行深入研究和学习。
本次任一专题课程都应用于先导化合物发现和优化的药物分子设计过程，有助于提高药物
设计水平、速度和成功率，使药物设计从基于偶然性趋向于定向化和合理化。
问题 3：培训时遇到疑问，怎么办？
课程采用边讲边练边答疑的模式，实战跟着老师一步一步操作，过程中通过班级微信群实
时跟踪操作结果，遇到问题及时反馈、当堂解决，让你实战不出错！
本次课程采用在线直播的形式，学习方式灵活。课前建立专门答疑的班级微信群，学员在
课前、课间、课后皆可与主讲老师随时沟通解答。权威老师帮你抽丝剥茧，和你一起打开计算
机辅助药物分子设计、筛选及发现先导化合物的大门！
问题 4：如何报名、缴费？
1、致电专门负责行政招生的老师报名，联系方式见本文件“第七条”。
2、填写下方附件报名回执表发送到专门负责行政招生工作的老师。
3、缴费支持公对公转账、个人垫付（对公到账及时退还垫付费用，可开具垫付证明）。
往期参加学员单位（排名不分先后）
清华大学 北京中医药大学 北京航空航天大学 中国医科大学附属盛京医院 中国医学科学院生物医学工程研究所
同济大学 复旦大学 上海科技大学 中国医学科学院药物研究所 北京双鹭药业股份有限公司
上海交通大学 上海理工大学 华东理工大学 北京超维知药科技有限公司 上海市同仁医院
同济医院 天津市肿瘤医院 中国农业大学 上海如凌生物医药有限公司 上海美司玛生物科技有限公司
忻州师范学院 石河子大学 中国科学技术大学 明度智云（浙江）科技有限公司 上海市第一妇婴保健院
中国药科大学 武汉轻工大学 中国中医科学院 四川源康盛科技有限公司 江苏赛孚士生物技术有限公司
淮南师范学院 广东海洋大学 上海医药工业研究院 山东轩竹医药科技有限公司 云南壹杭农业发展有限公司
华中科技大学 浙江中医药大学 解放军防化学院 中国人民解放军海军军医大学 宁波三生生物科技股份有限公司
陆军军医大学 扬州大学 深圳先进技术研究院 湖南医药学院 江苏苏中药业研究院有限公司
南京工业大学 海南大学 扬州大学医学院 荆楚理工学院 中国农业科学院蜜蜂研究所
郑州大学 内蒙古医科大学 军事医学研究院 康龙化成 武汉市景肽生物科技有限公司
广州医科大学 河南大学 中国热带农业科学院 山东省科学院生物研究所 中国医学科学院药用植物研究所
山东大学 西北工业大学 大连大学 溪砾科技(深圳)有限公司 同宜医药（苏州）有限公司
湖南大学 西南大学 福建医科大学 恒心医疗科技（天津）有限公司 天津亿泰微科生物科技发展有限公司
云南大学 广东药科大学 河北中医学院 重庆两江新区第一人民医院 武汉郎来科技发展有限公司
厦门大学 广州中医药大学 沈阳医学院 陕西中医药大学第二附属医院 仁和益康集团有限公司
兰州大学 贵州中医药大学 华东师范大学 中国食品药品检定研究院 江苏中旗科技股份有限公司
华南农业大学 江南大学 闽江学院 无锡市第二人民医院 光明乳业股份有限公司
合肥工业大学 西北大学 华中科技大学 山西省人民医院 杭州禾泰健宇生物科技有限公司
河南中医药大学 宁波大学 哈尔滨师范大学 中南大学湘雅医院 江苏亚盛医药开发有限公司
安徽工业大学 中南民族大学 湖南城市学院 湛江中心人民医院 勃林格殷格翰
山西大学 华中农业大学 廊坊师范学院 宁波华美医院 地奥集团
大理大学 潍坊医学院 齐鲁师范学院 泸州职业技术学院 合全药业
河南科技大学 首都医科大学 浙江中医学药大学 江苏医药职业学院 南华大学附属第二医院

只要愿意学习，就一定能够学会
师者仁心 师者仁心,香远益清 香远益清
你的需求是我的追求，你的信任是我的责任

关于举办 “ 计算机辅助药物设计 及 分子动力学模拟 ” 系列专题培训的通知
各有关单位: :
计算机辅助药物设计可以提高药物研发的成功率，降低研发成本，缩短研发周期，是目前创
新药物研究的核心技术之一。在新型冠状病毒的治疗方案中，通过同源建模方法发布了新冠病毒
的三维结构，通过药物靶标预测、筛选出针对新型冠状病毒的药物，通过一系列计算机辅助药物
生物计算的方法发现一大类药物分子可以有效阻止新冠病毒的侵染，为治疗新冠提供了新机理和
新思路。应新老客户的培训需求，北京软研国际信息技术研究院特举办“计算机辅助药物设计及
分子动力学模拟”系列专题培训班，本次培训由互动派（北京）教育科技有限公司具体承办，具
体相关事宜通知如下：
、 一、  培训目录 ：
CADD 药物分子相互作用、分子对接、靶点预测专题 内容详情
2022 年 03 月 26 日-03 月 27 日 在线直播（授课 2 天）
2022 年 04 月 03 日-04 月 04 日 在线直播（授课 2 天）
薛定谔靶点抑制剂虚拟筛选、共价对接、分子活性预测 内容详情
2022 年 04 月 09 日-04 月 10 日 在线直播（授课 2 天）
AMBER 分子动力学能量优化、结合自由能计算专题 内容详情
2022 年 04 月 03 日-04 月 05 日 在线直播（授课 3 天）
GROMACS 分子动力学蛋白模拟、药物开发溶剂筛选专题 内容详情
2022 年 04 月 03 日-04 月 05 日 在线直播（授课 3 天）
二 、培训特色：
1、本次系列课程共四个专题，均采用在线直播的形式，提供无限次回放视频，建立永不解
散的课程群，长期互动答疑，学员学完后可以继续与专业老师同学交流问题，巩固学习内容。
2、每个专题单独小班授课，边讲边练，报错信息及时解答。结合每个软件的特点和优势配
合应用案例对药物设计所涉及的关键技术进行精讲，让学员掌握特定研究场景下的软件和技术方
法选择，从而更好地满足学员论文及实际科研工作需求；
3、掌握通过蛋白结构分析、同源建模、分子对接、虚拟筛选、构效关系分析、药效团靶点
抑制剂筛选预测、全新药物设计，先导化合物发现等方法对靶点药物进行全方位设计及分析。
4、通过整个课程体系帮助学员了解拿到一个课题后应该开展哪些工作及如何开展，包括：
如何获取靶点晶体结构信息、如何查看靶点药物相互作用、如何获取没有晶体结构的蛋白结构、
如何构建靶点已知的化合物结构、如何获取已有的虚拟化合物库、如何模拟靶点与分子相互作用、
如何进行化合物库虚拟筛选、如何预测靶点与分子相互作用、如何构建构效关系模型、如何进行
基于碎片的药物设计、深入研究蛋白与分子动态相互作用、分子动力学模拟与结合自由能计算等。
三、培训大纲：
系列课程： CADD 药物分子相互作用、分子对接、靶点预测 专题
课程名称 课程内容
生物分子互作基础
1.生物分子互作用研究方法
1.1 蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理
1.2 分子对接研究生物分子相互作用
1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用
蛋白数据库
1. PDB 数据库介绍
1.1 PDB 蛋白数据库功能
1.2 PDB 蛋白数据可获取资源
1.3 PDB 蛋白数据库对药物研发的重要性
2.PDB 数据库的使用
2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载
2.2 靶点蛋白结构序列下载
2.3 靶点蛋白背景分析
2.4 相关数据资源获取途径
2.4 批量下载蛋白晶体结构
蛋白结构分析
1. Pymol 软件介绍
1.1 软件安装及初始设置
1.2 基本知识介绍（如氢键等）
2.Pymol 软件使用
2.1 蛋白小分子相互作用图解
2.2 蛋白蛋白相互作用图解
2.3 蛋白及小分子表面图、静电势表示
2.4 蛋白及小分子结构叠加及比对
2.5 绘相互作用力
2.6 Pymol 动画制作
3.实例讲解与练习：
（1）尼洛替尼与靶点的相互作用，列出相互作用的氨基酸，并导出结合模式图
（2）制作结合口袋表面图
（3）Bcr/Abl 靶点的 PDB 结构叠合
（4）制作蛋白相互作用动画
（5）针对 ACE2 和新冠病毒 Spike 的蛋白晶体复合物，制作蛋白-蛋白相互作用
Cartoon Surface Surface of binding site
图一：Pymol 软件制作蛋白表面图
同源建模
1. 同源建模原理介绍
1.1 同源建模的功能及使用场景
1.2 同源建模的方法
2. Swiss-Model 同源建模；
2.1 同源蛋白的搜索（blast 等方法）
2.2 蛋白序列比对
2.3 蛋白模板选择
2.4 蛋白模型搭建
2.5 模型评价（蛋白拉曼图）
2.6 蛋白模型优化 图二：最佳模型结果 Spike: Model_03
3.实例讲解与练习：用 2019-nCoV spike 蛋白序列建模，根据相应参数和方法评价模型
小分子构建
1. ChemDraw 软件介绍
1.1 小分子结构构建
1.2 小分子理化性质（如分子量、clogP 等）计算
2.实例讲解与练习：分别构建大环、氨基酸、DNA、RNA 等分子
小分子化合物库
1. 小分子数据库
1.1 DrugBank、ZINC、ChEMBL 等数据库介绍及使用
1.2 天然产物、中药成分数据库介绍及使用
生物分子互作用Ⅰ
Autodock
1.分子对接基础
1.1 分子对接原理及对接软件介绍
2. 分子对接软件（Autodock) 使用
2.1 半柔性对接
2.1.1 小分子配体优化准备
2.1.2 蛋白受体优化及坐标文件准备
2.1.3 蛋白受体格点计算
2.1.4 半柔性对接计算
2.2 对接结果评价
2.2.1 晶体结构构象进行对比
2.2.2 能量角度评价对接结果
2.2.3 聚类分析评价对接结果
2.2.4 最优结合构象的选择
2.2.5 已知活性化合物对接结果比较 图三：PDB 1IEP
3.实例讲解与练习：针对 1IEP 完成半柔性对接、柔性对接
虚拟筛选
2.3 柔性对接
2.3.1 小分子配体优化准备
2.3.2 蛋白受体优化及坐标文件准备
2.3.3 蛋白受体格点计算
2.3.4 柔性对接计算
2.3.5 柔性对接结果评价
2.3.6 半柔性与柔性对接比较与选择
3. 分子对接用于虚拟筛选（Autodock）
3.1 虚拟筛选定义、流程构建及演示
3.2 靶点蛋白选择 图四： 对接结果能量分析
3.3 化合物库获取
3.4 虚拟筛选
3.5 结果分析（打分值、能量及相互作用分析）
3.实例讲解与练习：对 1IEP 晶体复合物完成虚拟筛选，并对结果进行分析
答疑 针对前两天学习问题的答疑
生物分子互作用 II
ZDOCK
1.预测蛋白-蛋白相互作用（ZDOCK）
1.1 受体和配体蛋白前期优化准备
1.2 载入受体和配体分子
1.3 蛋白蛋白相互作用对接位点设定
1.4 蛋白蛋白对接结果分析与解读
2. 实例讲解与练习：ZDOCK 模拟 2019-nCoV 的 spike 蛋白 6VXX和 ACE2 蛋白晶体结构的相
互作用
图五：Spike-ACE2 和 ZDOCK results 的比较
构效关系分析
1. 3D-QSAR 模型构建（Sybyl 软件）
1.1 小分子构建
1.2 创建小分子数据库
1.3 小分子加电荷及能量优化
1.4 分子活性构象确定及叠合
1.5 创建 3D-QSAR 模型
1.6 CoMFA 和 CoMSIA 模型构建
1.7 测试集验证模型
1.8 模型参数分析
1.9 模型等势图分析 图六： CoMFA 和 CoMSIA 模型图
1.10 3D-QSAR 模型指导药物设计
2. 实例讲解与练习：搜集 Imatinib 或 Bcr/Abl 同靶点抑制剂小分子的类似物结构及其活
性值，分别构建 COMFA 与 COMSIA 模型，并调整参数，获得最佳预测模型
基于碎片药物设计
1. 基于碎片药物设计
1.1 基于碎片的药物设计与发现
1.2 基于碎片化合物库构建
1.2.1 骨架替换
1.2.2 碎片连接
1.2.3 碎片生长
1.3 基于药效团的化合物库生成
1.4 基于蛋白结合口袋的化合物库生成
1.5 基于分子描述符的化合物库生成
1.6 基于 BREED 规则的化合物库构建
1.7 基于碎片的化合物库筛选 图七：生成小配体碎片库
2. 实例讲解与练习：利用碎片替换、碎片链接、碎片生长以及 BREED 对晶体复合物中的小
配体进行碎片化合物的生成，并对结果进行分析
分子动力学模拟
1. 分子动力学模拟简介
1.1 分子动力学基本原理
1.2 分子动力学模拟在药物设计中的作用
答疑 针对后两天学习问题的答疑
系列课程： 薛定谔靶点抑制剂虚拟筛选、共价对接、分子活性预测 专题
时间 课程内容 课程内容
第一天
上午
蛋白- - 配体相互作用
. 1.  分子对接基础、原理及对接软件介绍
. 2.  分子对接软件（薛定谔) )  使用
2.1 半柔性对接
2.1.1 小分子配体优化准备
2.1.2 蛋白受体优化及坐标文件准备
2.1.3 蛋白受体格点计算
2.1.4 半柔性对接计算
2.2 对接结果评价
2.2.1 晶体结构构象比较
2.2.2 打分角度评价对接结果
2.2.3 构象角度评价对接结果
2.2.4 最优结合构象选择
2.2.5 已知活性化合物对接结果比较
实例讲解与练习：Bcr/Abl 靶点抑制剂的分子对接
第一天
下午
柔性对接及基于结构
的虚拟筛选
2.3 诱导契合柔性对接
2.3.1 小分子配体优化准备
2.3.2 蛋白受体优化及坐标文件准备
2.3.3 蛋白受体格点计算
2.3.4 柔性对接计算
2.3.5 柔性对接结果评价
2.3.6 半柔性对接与柔性对接比较与选择
. 3.  基于结构的虚拟筛选（薛定谔）
3.1 虚拟筛选定义、流程构建及演示
3.2 靶点蛋白选择
3.3 化合物库获取
3.4 虚拟筛选
3.5 结果分析（打分值、能量项分解及相互作用）
. 4.  共价对接（薛定谔）
4.1 蛋白结构准备
4.2 小分子结构准备
4.3 共价对接
4.4 共价对接结果分析
实例讲解与练习：1）Bcr/Abl 靶点抑制剂的虚拟筛选
2）EGFR 靶点抑制剂共价对接
第二天
上午
基于药效团虚拟筛选
. 5.  药效团构建虚拟筛选（薛定谔）及结果分析
5.1 配体和受体结构准备及优化
5.2 基于多配体共同特征构建药效团
5.3 基于蛋白-配体复合物构建药效团
5.4 药效团的特征修饰
5.5 药效团的富集分析
5.6 基于药效团的虚拟筛选
5.7 基于药效团虚拟筛选结果分析
实例讲解与练习：
基于药效团的 Bcr/Abl 抑制剂虚拟筛选
第二天
下午
构效关系模型预测分
子活性
. 6.  构效关系模型（ 3D-QSAR ）构建及化合物活性分析
6.1 构效关系基本理论介绍
6.2 分子数据集准备
6.3 3D-QSAR 模型构建
6.4 3D-QSAR 模型结果分析
6.5 3D-QSAR 模型预测新化合物活性
实例讲解与练习：
Bcr/Abl 抑制剂 3D-QSAR 构建及分子活性预测
系列 课程： R AMBER  分子动力学 能量优化、结合自由能计算专题
第一天
时间 课时内容 主要知识点
AM
9:00~9:50
一. .  分子动力学入门理/ / 论
教学目标：了解本方向内容、
理论基础、研究意义。
1 1 分子力学简介
1.1 分子力学的基本假设
1.2 分子力学的主要形式
2 2 分子力场
2.1 分子力场的简介
2.2 分子力场的原理
2.3 分子力场的分类及应用
AM
10:00~10:50
二. .  LINUX 入门
教学目标：掌握数值计算平台，
熟悉计算机语言，能够使用vim
编辑器简单编辑文件。
3 3 X LINUX  简介
3.1 用户属组及权限
3.2 目录文件属性
3.3 LINUX基础命令
3.4 LINUX环境变量
3.5 Shell常用命令练习
AM
11:00~12:00
PM
14:00~14:50
三. .  AMBER 简介及安装
教学目标：了解Amber软件历史
发展，熟悉安装环境，支撑环
境编译。
4 4 AMBER 简介和安装
4.1 GCC简介及安装
4.2 Open MPI简介及安装
4.3 AMBER安装运行
PM
15:00~15:50
PM
16:00~17:00
四. .  研究对象模型获取
教学目标：如何确立研究对象，
熟悉蛋白数据库的使用，如何
对研究对象建模。
5 5 模型文件的预处理
5.1 模型来源简介
5.2 蛋白文件简介
第二天
时间 课时内容 主要知识点
AM
9:00~9:50
五. .  研究对象模型构建
教学目标：熟悉模型预处理流
程,掌握输入文件的编写，能够
6 6 模型文件的预处理
6.1 蛋白预处理
6.2 小分子预处理
独立完成体系动力学之前的准
备工作。
AM
10:00~10:50
6.3 AMBER力场简介
6.4 拓扑文件、坐标文件简介
6.5 top、crd文件的生成
6.6 tleap模块的使用
案例实践：
HIV-1复合物的预处理
AM
11:00~12:00
六. .  分子动力学模拟
教学目标：分子动力学流程，
AMBER软件动力学原则。
7 7 能量优化、分子动力学模拟
7.1 能量优化意义以及方法
7.2 模拟温度调节意义及方法
7.3 溶剂模型分类及选择
7.4 动力学模拟输入文件的编写
7.5 运行分子动力学模拟
7.6 输出内容解读
案例实践：
HIV-1复合体系能量优化、分子动力学模拟
PM
14:00~14:50
七. .  结合自由能计算
教学目标：熟悉结合自由能计
算的意义、MMPBSA方法以及流
程。
8 8 焓变计算
8.1 实验数据分析及检索
8.2 MM/PBSA结合自由能计算原理
8.3 GB模型讲解及分类
8.4 焓变输入文件的编写
8.5 焓变结果解读
PM
15:00~15:50
9 9 熵变计算
9.1 Nmode计算熵变原理
9.2 熵变输入文件的编写
9.3 焓变结果解读
9.4 实验值与理论值对照分析
PM
16:00~17:00
案例实践：
HIV-1与抑制剂之间结合自由能计算
第三天
时间 课时内容 主要知识点
AM
9:00~9:50
八. .  可视化软件
教学目标：熟悉可视化软件获
取渠道、软件安装以及基本使
用，采用可视化软件辅助科研
工作。
10 3D 可视化分析
10.1 VMD安装和使用
10.2 Discovery Studio 安装和使用
10.3 Pymol 安装和使用
AM
10:00~10:50
九. .  基于分子动力学的轨迹特征
获取
教学目标：从动力学模拟出的
构象出发，洞悉构象转变，解
释实验想象，预测实验结果
11 构象分析
11.1 RMSD分析
11.2 B-Factory 分析
11.3 RMSF分析
AM
11:00~12:00
11.4 RG分析
11.5 二级结构分析
11.6 VMD动画展示
11.7 距离角度测量
PM
14:00~14:50
十. .  基于能量的相互作用机理分
析
教学目标：从能量角度出发，
分析分子间、残基间、重要基
团间相互作用机理，对实验提
供理论指导
12 能量分析
12.1 残基分解（相互作用分析）
12.2 丙氨酸扫描（寻找热点残基）
12.3 氢键网络（其它相互作用）
PM
15:00~15:50
十一. . 经典工作复现
教学目标：引导初学者了解本
方向中经典工作，复现工作中
重要分析手段，加深同学对本
方向的理解。
13 经典文献工作复现( ( 请同学在课前自行下载仔细阅
读) )
13.1 Jianzhong Chen, Xingyu Wang, Laixue Pang,
John Z H Zhang, Tong Zhu. Nucleic Acids Res.,
47(13): 26 Pages 6618–6631.
DOI: 10.1093/nar/gkz499
) (1)  MM/GBSA 结合自由能计算
) (2)  相关性分析
) (3)  相互作用能的提取与讨论
) (4)  氢键网络分析
) (5)  RMSF 分析热点残基和活跃结构区域
(6)  DCCP 解析体系内部动力学特征
PM
16:00~17:00
13.2 Fu, Tt., Tu, G., Ping, M. et al.
Subtype-selective mechanisms of negative
allosteric modulators binding to group I
metabotropic glutamate receptors. Acta
Pharmacol Sin (2020).
DOI: 10.1038/s41401-020-00541-z
) (1)  分子对接技术
) (2)  MD 模拟运动学
) (3)  NAMs 与 mGlu1 和 mGlu5 结合的初始结合构象
) (4)  mGlu1-NAM 配合物的相互作用及结合自由能分析
) (5)  NAM 绑定 mGlu1 中的 “ 热点 ” 和 “ 热点 ” 残基分析
) (6)  mGlu5-NAM 配合物的相互作用及结合自由能分析
) (7)  NAM – mGlu5 共同识别机制分析
) (8)  分子动力学模拟真实性检测
) (9)  mGlu1 和 mGlu5 对 NAMs 的选择机制
(10) mGlu1 和 mGlu5 中非保守残基的不同性质决定了
NAMs 的结合模式
(11) mGlu1 和 mGlu5 中保守残基稳定 NAMs 结合模式的
不同作用
(12) 双靶标抑制剂的结合机制
系列课程： S GROMACS  分子动力学 蛋白模拟、药物开发溶剂筛选 专题
课程名称 内 容
基础理论
1 1  分子模拟基础理论
1.1 统计力学理论概述
1.2 主要算法介绍：最速下降法、共轭梯度法、有限差分法
1.3 力场、力场类型、参数和分类：AMBER、CHARMM、MMX、CVFF、OPLS
1.4 基础知识：积分迭代器、积分步长选取、温度控制、压力控制、周期性边界条件
1.5 模拟基本流程：能量最小化、NVE弛豫、NVT控温、NPT控压、MD平衡模拟
1.6 计算化学基本概念：范德华表面、分子表面、接触表面、溶剂可及表面、势能面
程序入门
2 2  GROMACS 程序 入门 —— 学会编译方法，安装自己的 GROMACS 可执行程序，并运行一个例子。
2.1 版本/安装/运行
•Linux入门操作及方法
•并行介绍和环境搭建
•win版、linux版编译安装及运行
•win版下使用linux系统编译安装及运行GROMACS程序
2.2 各种文件介绍：PDB、GRO、TOP/ITP、XVG、MDP
2.3 力场概念、分类及力场参数修改：——探究力场具体形式，为以后创建自己体系做准
备，以OPLS为例，力场的各种参数说明及修改
生物体系建模
与TOP文件构
建
3 3  生物体系 建模 —— 掌握 不同体系快速搭建方法 ，使学员具有扎实的 建模 基础
3.1 辅助工具软件ackmol、GaussView、vmd、Grace等
3.2 模型建模/TOP文件的生成
生物小分子PDB构建、生物小分子模型及原子类型定义、结构调整（键长、键角、二
面角）、生物小分子top结构构建、itp文件建立、拓扑文件生成工具
3.3 不同简单生物体系的建模
3.4 蛋白质、核酸、多肽、溶剂等复杂体系构建
3.5 构建一个简单的生物分子体系模型并运行
建模结果分析
4 4  模拟结果分析 —— 掌握不同生物体系所需分析方法，生成拓扑结构和坐标文件
4.1 模拟轨迹分析：trajectory，sasa，rdf，freevolume等
4.2 生成拓扑结构和坐标文件：editconf，genconf，pdb2gmx等
4.3 模拟能量分析：energy，enemat等
4.4 系统动态结构分析：cluster，confrms，midist等
4.5 空间分布性质：gyrate，msd，rdf，traj等
4.6 分子结构分析：hbond，order，principal，spol等
4.7 静电作用分析：dielectric，dipoles，potential等
生物体系建模
实践
5 5  水溶性蛋白质和配体作用分子动力学模拟
5.1 配体分子的处理
5.2 蛋白结构的处理
5.3 修改蛋白坐标文件
5.4 修改拓扑文件
5.5 构建盒子并放入溶剂
5.6 平衡系统电荷
5.7 能量最小化
5.8 NVT平衡 图1 1 ：水溶性蛋白模拟
5.9 NPT平衡
5.10 模拟结果取样
6 6  分子动力学结果分析
6.1 轨迹文件观察
6.2 能量数据作图
6.3 计算斜方差
6.4 测量回旋半径
6.5 计算结构的RMSD值
6.6 计算原子位置的根均方波动 图2 2 ：计算结构的D RMSD  值
6.7 计算模拟过程中分子间的氢键的数目、距离或角度
7 7  生物膜磷脂双分子层生物膜、膜蛋白等建模
7.1 磷脂分子结构、双分子层建模
7.2 模拟水通道（蛋白、多肽等）
7.3 插入溶剂分子
7.4 模拟系统达平衡
7.5 分析溶剂分子扩散速率
7.6 分子间的氢键的数目、距离或角度 图3 3 ： 生物膜蛋白水通道模拟
高级进阶模拟
分子自由能计
算实践
8 8  蛋白质结合自由能计算（伞形采样法为例）
8.1 创建一系列反应路径分子构型
8.2 提取模拟间隔质心轨迹
8.3 模拟每个构型的伞形采样
8.4 柱状图分析计算结合自由能
8.5 模拟结果讨论
图4 4： ： 自由能伞形采样计算结合能
9 9  药物分子开发溶剂筛选
9.1 介绍热力学积分方法
9.2 构建药物分子模型
9.3 建模药物分子溶解在水相，油相和醇相
9.4 计算不同相态下的分配系数
9.5 快速预测药物分配系数方法
图5 5 ： 药物分子自由能计算
SCI论文复献
根据学员需求，回答相关SCI文献中模拟的问题
四、 培训讲师：
CADD、薛定谔专题讲师：由全国重点大学、国家“双一流”、“211 工程”重点建设医药类高
校，药学博士，副教授，硕士生导师。发表 SCI 研究论文 20 余篇，主持和参与国家级、省级自然
科学基金多项。拥有多年新药分子设计开发经验，主要擅长CADD、AIDD药物设计方法等。
AMBER 专题讲师：山东省重点高校特聘教授、省优青团队人员，研究团队在《J. Am. Chem.
Soc.》、《Phys. Chem. Chem. Phys.》、《Nanoscale》、《J. Chem. Phys.》等国际知名期
刊发表 SCI 论文 50 余篇。其中以第一作者发表的两篇 JACS 属于本领域顶级 TOP 期刊(一区论
文，IF: 14.612)h-index 为 15。主持国家自然科学基金及省部级课题多项。主要从事生物分
子量化计算和分子动力学模拟研究，在动力学模拟、量化计算、结合自由能计算等积累了丰富
的经验。
GROMACS 专题讲师：由湖北省重点建设高校、国内一流学科建设高校特聘教授、国立台湾
大学博士后毕业、美国研究型大学和世界名校留学生讲授。在国内外学术期刊发表研究论文二
十余篇，曾先后主持和参与国家自然科学基金和省自然科学基金数十项。拥有十余年的分子模
拟、化学反应动力学、量子化学研究经验，主要擅长计算分子模拟、分子动力学、热力学、化
学反应动力学等研究，其中溶剂化自由能计算方法研究被评为“TopTier”的研究贡献。
五、 报名费用： （ 含 报名费、培训费、资料费 ）
课程名称 原价 （ 元） ）  早鸟价（元 ）
D CADD  专题 39 00 3700
薛定谔专题 26 00 2400
r Amber  专题 2900 2700
s Gromacs  专题 2900 2700
费用提供用于报销的正规机打发票及盖有公章的纸质通知文件；
如需开具会议费的单位请联系招生老师索取会议邀请函；
价格优惠：
优惠一：本次系列所有专题课程 2022 年 3 月 11 日前缴费均可享受 200元早鸟价优惠；
优惠二：报名两个及以上专题课程可享受额外优惠（具体请咨询招生联系人）
优惠三：老客户推荐学员可享受额外优惠（具体请咨询招生联系人）
六 、增值服务 ：
1、课前预习：提供培训书本教材或课件电子资料
2、课后复习：提供随堂电子资料、培训视频回放（回放视频仅供个人学习使用）
3、学员提出的各自遇到的问题在课程结束后可以长期得到老师的 1V1 解答与指导；
4、参加培训并通过考试的学员，可以获得：北京软研国际信息技术研究院培训中心颁发的
《计算机辅助药物设计应用工程师》或《分子动力学应用工程师》专业技能结业证书；
七 、 联系方式：
官方联系人:郝老师
电话：13263150968
报名 VX: haobaixue001 报名 QQ：2679039843
【注】1、开课前一周会务组统一通知；开课前一天会将直播链接及上机账号发至您邮箱或微信。
2、其它相关课程：《AIDD 分子表征、类药性评价、抑制剂筛选专题》 、《新药先导化合物虚拟
筛选专题培训》 《代谢组学网络药理学结合聚焦关键蛋白专题》具体安排介绍请咨询联系人！
八 、课程问答：
问题 1：课程是否适合小白/零基础的学员？
对于初学者，因缺乏对药物设计专业软件计算技巧的掌握与深入理解，导致无从下手。本
次计算机辅助药物设计及分子动力学系列专题课程从初学者角度出发，贴合实际项目需求。多
个专题分别使用不同的专业软件工具讲授多项专业技术知识，为满足学生不同的学习需求，配
置各个实用热门案例实操，让你从计算小白到跟紧时代热点能够上场做计算的学术弄潮儿。
问题 2：通过计算机辅助药物设计系列培训班我能学到什么？
CADD 课程共计 4 天，采用“理论+实操”模式，详细讲授 PDB 数据库使用、蛋白结构分析、
同源建模、Autodock 分子对接、虚拟筛选、蛋白-蛋白相互作用预测、构效关系分析、基于碎
片药物设计等专业技术，另有专业实践案例一步步操作。
薛定谔课程共计 2 天，采用“理论+实操”模式，详细讲授使用薛定谔软件进行分子对接、
虚拟筛选、药效团虚拟筛选、构效关系预测分子活性等专业技术，另有专业案例一步步实操。
AMBER 分子动力学课程共计 3天，采用“理论+实操”模式，详细讲授 AMBER 软件安装运
行、模型构建及力场文件生成、能量优化、溶剂模型、MM/PBSA 结合自由能计算、3D 可视化、
构象分析、能量及相互作用分析等专业技术，另配合专业案例及经典文章案例复现。
GROMACS分子动力学课程共计 3 天，采用“理论+实操”模式，详细讲授 GROMACS 软件编
译安装运行、生物分子体系模型的构建、系统性的结果分析方法，并对水溶性蛋白质、结合自
由能、生物膜蛋白、药物分子开发溶剂筛选等大家感兴趣的内容进行深入的建模计算和分析，
最后配合相关 SCI 文献中模拟的问题进行深入研究和学习。
本次任一专题课程都应用于先导化合物发现和优化的药物分子设计过程，有助于提高药物
设计水平、速度和成功率，使药物设计从基于偶然性趋向于定向化和合理化。
问题 3：培训时遇到疑问，怎么办？
课程采用边讲边练边答疑的模式，实战跟着老师一步一步操作，过程中通过班级微信群实
时跟踪操作结果，遇到问题及时反馈、当堂解决，让你实战不出错！
本次课程采用在线直播的形式，学习方式灵活。课前建立专门答疑的班级微信群，学员在
课前、课间、课后皆可与主讲老师随时沟通解答。权威老师帮你抽丝剥茧，和你一起打开计算
机辅助药物分子设计、筛选及发现先导化合物的大门！
问题 4：如何报名、缴费？
1、致电专门负责行政招生的老师报名，联系方式见本文件“第七条”。
2、填写下方附件报名回执表发送到专门负责行政招生工作的老师。
3、缴费支持公对公转账、个人垫付（对公到账及时退还垫付费用，可开具垫付证明）。
往期参加学员单位（排名不分先后）
清华大学 北京中医药大学 北京航空航天大学 中国医科大学附属盛京医院 中国医学科学院生物医学工程研究所
同济大学 复旦大学 上海科技大学 中国医学科学院药物研究所 北京双鹭药业股份有限公司
上海交通大学 上海理工大学 华东理工大学 北京超维知药科技有限公司 上海市同仁医院
同济医院 天津市肿瘤医院 中国农业大学 上海如凌生物医药有限公司 上海美司玛生物科技有限公司
忻州师范学院 石河子大学 中国科学技术大学 明度智云（浙江）科技有限公司 上海市第一妇婴保健院
中国药科大学 武汉轻工大学 中国中医科学院 四川源康盛科技有限公司 江苏赛孚士生物技术有限公司
淮南师范学院 广东海洋大学 上海医药工业研究院 山东轩竹医药科技有限公司 云南壹杭农业发展有限公司
华中科技大学 浙江中医药大学 解放军防化学院 中国人民解放军海军军医大学 宁波三生生物科技股份有限公司
陆军军医大学 扬州大学 深圳先进技术研究院 湖南医药学院 江苏苏中药业研究院有限公司
南京工业大学 海南大学 扬州大学医学院 荆楚理工学院 中国农业科学院蜜蜂研究所
郑州大学 内蒙古医科大学 军事医学研究院 康龙化成 武汉市景肽生物科技有限公司
广州医科大学 河南大学 中国热带农业科学院 山东省科学院生物研究所 中国医学科学院药用植物研究所
山东大学 西北工业大学 大连大学 溪砾科技(深圳)有限公司 同宜医药（苏州）有限公司
湖南大学 西南大学 福建医科大学 恒心医疗科技（天津）有限公司 天津亿泰微科生物科技发展有限公司
云南大学 广东药科大学 河北中医学院 重庆两江新区第一人民医院 武汉郎来科技发展有限公司
厦门大学 广州中医药大学 沈阳医学院 陕西中医药大学第二附属医院 仁和益康集团有限公司
兰州大学 贵州中医药大学 华东师范大学 中国食品药品检定研究院 江苏中旗科技股份有限公司
华南农业大学 江南大学 闽江学院 无锡市第二人民医院 光明乳业股份有限公司
合肥工业大学 西北大学 华中科技大学 山西省人民医院 杭州禾泰健宇生物科技有限公司
河南中医药大学 宁波大学 哈尔滨师范大学 中南大学湘雅医院 江苏亚盛医药开发有限公司
安徽工业大学 中南民族大学 湖南城市学院 湛江中心人民医院 勃林格殷格翰
山西大学 华中农业大学 廊坊师范学院 宁波华美医院 地奥集团
大理大学 潍坊医学院 齐鲁师范学院 泸州职业技术学院 合全药业
河南科技大学 首都医科大学 浙江中医学药大学 江苏医药职业学院 南华大学附属第二医院

只要愿意学习，就一定能够学会
师者仁心 师者仁心,香远益清 香远益清
你的需求是我的追求，你的信任是我的责任